La branca principal es va dividir en diverses branques: Un dels fills de Frederic II, Lluís, va emparentar amb els ducs de Nevers i comtes de Rethel al Regne de França, dels quals en va ser l'hereu i va així es va crear la branca Gonzaga-Nevers.
Una altra branca van ser els Gonzaga de Guastalla, descendents de Ferrante, el qual va adquirir el Comtat de Guastalla, que mś endavant seria un ducat. El seu net Ferrante II, va ser el candidat escollit per l'emperador per optar a la successió del Ducat de Màntua i que va originar la guerra de successió de Màntua.
Dues de les filles de la Casa de Gonzaga, les dues anomenades Elionor Gonzaga, foren emperadrius del Sacre Imperi Romanogermànic per matrimoni amb els emperadors Ferran II i Ferran III.
A la família hi va haver un sant, Lluís Gonzaga, catorze cardenals i tretze bisbes.
La Casa de Gonzaga inspirà el Hamlet de Shakespeare. A l'acte 3, escena 2, els protagonistes interpreten una obra teatral titulada The Murder of Gonzago o The Mousetrap (L'assassinat de Gonzaga).
El govern dels Gonzaga continuà a Màntua fins al 1708 i a Guastalla i Sabbioneta fins al 1746. Les dues línies que governaven han quedat extintes i el cap de la Casa de Gonzaga ha passat a la línia Vescovato descendent de Giovanni, un fill de Frederic I Gonzaga.
Patrons de les arts
Lluís III Gonzaga, segon marquès de Màntua, va ser un gran patró de les arts en la segona meitat del segle XV. Va atreure a Màntua a reconeguts artistes del Renaixement italià com Pisanello, Leon Battista Alberti i Andrea Mantegna amb l’objectiu que la seva cort competís en magnificència respecte a ciutats més poderoses com Florència, Venècia i Roma.[1] Els successors de Lluis van anant ampliant la col·lecció, que incorporà obres de Ticià, Leonardo da Vinci, Rafael, Antonio da Correggio i Giulio Romano, formant la col·lecció Gonzaga.[2] El 1627 el duc Vicenç II va vendre gran part de la col·lecció de pintures, i en el 1628, el duc Carles I Gonzaga-Nevers, successor de Vicenç, va vendre un gran nombre de busts i estàtues clàssiques, cameos, pintures i la sèrie Triomf de Juli Cèsar, una sèrie de nou grans pintures creades per Andrea Mantegna.[3] El comprador era l’holandès Daniel Nijs, actuant com agent del rei Carles I d’Anglaterra. La col·lecció d'art de Carles I es constituiria en una de les millors col·leccions d’art renaixentista i barroc de la seva època.
