Лев Попов е роден в 1865 година в град Струга, тогава в Османската империя, в семейството на поп Георги Янчев Марин и Ана Миладинова, първа братовчедка на Братя Миладинови.[2] Дядото на Лев Попов Янче Марин е от Корча. Майка му е голяма патриотка, подкрепя активно ВМОРО и в къщата ѝ често отсяда войводата Тасе Христов.[2]
Лев Попов завършва българската класическа гимназия в Битоля и семинария в Цариград. Присъединява се към ВМОРО, докато учителства в Струга, ръководи градска терористична група на организацията и е член на Стружкия околийски комитет. По-късно учителства и в Охрид.[1]