МІУ вядзе анлайн-рэйтынг паспяховасці студэнтаў, пачынаючы з 2 курса[2].
У 2002 годзе ў артыкуле газеты СБ. Беларусь сегодня, у якім журналіст Віктар Панамароў пераважна крытыкаваў прыватныя ВНУ, ён даў такую характарыстыку Мінскаму інстытуту кіравання: «А мяне ўразіў раскошны люстраны хол Мінскага інстытута кіравання. Здзівіў дызайн яго шасці карпусоў, над якімі разносілася мелодыя „Да Элізы“ Бетховена: пачатак перапынку паміж лекцыямі! Бо пачыналася ўсё з абшарпанага будынку нейкага ДК. Праз некалькі гадоў, мяркуючы па генплане, тут будзе ўнікальны студэнцкі „кампус“. Глухая ўскраіна зменіцца рашучым чынам[3].»
У 2016—2018 гадах у МІУ пры цэнтры дыстанцыйнага навучання атрымоўвалі вышэйшую адукацыю зняволеныя некаторых калоній Бабруйска і Гомеля[4][5].
У 2019 годзе Міністэрства адукацыі Рэспублікі Беларусь у выніку шэрагу праверак пазбавіла МІУ акрэдытацыі па 8 спецыяльнасцях, пры гэтым студэнтам гэтых спецыяльнасцей прапанавалі давучыцца ў іншых ВНУ[9]. У адказ ВНУ падала скаргу ў пракуратуру, якая была адхілена, а студэнты правялі акцыю пратэста 11 лістапада 2019 года ў адным з будынкаў МІУ на вул. Лазо[10][11]. Рэктар універсітэта М. Суша даў некалькі інтэрв’ю, у якіх ён абвінаваціў міністра адукацыі І. В. Карпенку ў жаданні знішчыць прыватную вышэйшую адукацыю[12][13]. На гэта Мінадукацыі абвінаваціла кіраўніцтва ВНУ ў падбухторванні студэнтаў да пратэсту, прафанацыі праблемы і спробе ўхіліцца ад яе рашэння і прапанавала МІУ або адмовіцца ад гэтых спецыяльнасцей, або ліквідаваць парушэнні і прайсці паўторную акрэдытацыю[14]. Былы прарэктар МІУ і экс-міністр унутраных спраў Ю. Л. Сівакоў у інтэрв’ю «Нашай Ніве» пазітыўна выказаўся пра якасць навучання ў МІУ і агучыў гіпотэзу магчымага пазбаўлення ўніверсітэта акрэдытацыі: «Мне здаецца, што Мікалай Васільевіч [Суша] некалькі разоў выступаў адносна аптымізацыі працэсу кіравання ўстановамі адукацыі, за роўныя ўмовы і для прыватных устаноў адукацыі, і для дзяржаўных. Каб не было ніякай дыскрэдытацыі. І гэтымі сваімі словамі і дзеяннямі ён стаў крыніцай раздражнення. Мог мець месца і гэты фактар[15].» 12 лістапада 2019 года начальнік галоўнага ўпраўлення прафесійнай адукацыі Мінадукацыі Сяргей Каспяровіч сустракаўся з актывам студэнтаў МІУ, дзе зноў агучыў пазіцыю Міністэрства: ВНУ можа альбо адмовіцца ад акрэдытацыі па азначаных спецыяльнасцях, альбо выправіць памылкі і прайсці новую акрэдытацыю, а студэнтам дадуць магчымасць давучыцца ў іншых ВНУ ў любым выпадку[16]. 15 лістапада 2019 года рэктара МІУ выклікалі ў пракуратуру, дзе заявілі, што прынялі да разгляду дакументы па акрэдытацыі гэтай ВНУ і вынеслі яму папярэджанне аб недапушчальнасці парушэнняў патрабаванняў заканадаўства аб масавых мерапрыемствах, маючы на ўвазе пікет студэнтаў 11 лістапада[17].
1 ліпеня 2020 г. на агульным сходзе студэнтаў спецыяльнасці "праграмнае забеспячэнне інфармацыйных тэхналогій", навучэнцам гэтай спецыяльнасці рэктар МІУ параіў перавесціся ў БДТУ, з якім МІУ заключыў спецыяльнае пагадненне, а тым, хто застанецца падымуць аплату за навучанне. Пры гэтым, тым, хто вырашыць перавесціся, трэба будзе даплаціць больш за 1000 руб. і здаць да 17 экзаменаў акадэмічнай розніцы[21].
У красавіку 2022 года студэнты МІУ атрымалі паведамленне аб неабходнасці пераводу ў іншыя адукацыйныя ўстановы «ў сувязі з планаваным у 2024 годзе спыненнем адукацыйнай дзейнасці»[22].
