تتلمذ الشيخ بلخوجة في جامعة الزيتونة، على يد كبار علماء الدين الإسلامي أمثال الطاهر بن عاشور وابنه الفاضل بن عاشور ليحصل على شهادته عام 1946، ثم سافر إلى باريس حيث نال شهادة الدكتوراة في الآداب العربية من جامعة السوربون عام 1964. عاد إلى جامعته حيث ترقّى عبر مدارجها. من مدرّسٍ إلى أستاذٍ مساعد، ثمّ إلى أستاذٍ مشارك، ثمّ إلى أستاذٍ للشّريعة والدراسات القرآنية وعميداً لكلية الشريعة وأصول الدّين بكلّية الشريعة من عام 1970 إلى عام 1976، عُيّن بعدها مفتياً لتونس، في الفترة من 1976 إلى 1984. قبل أن يجري اختياره أميناً عامّاً لمجمع الفقه الإسلامي في جدة في السعودية في عام 1984.[3]