Năm 1955, Chính phủ đã quyết định đổi tên Bộ Giao thông Công chính thành Bộ Giao thông và Bưu điện do ông Nguyễn Văn Trân làm Bộ trưởng.
Năm 1960, Bộ Giao thông và Bưu điện đổi tên thành Bộ Giao thông Vận tải.
Năm 1990, Bộ Giao thông Vận tải hợp nhất với Tổng cục Bưu điện và Cục Hàng không dân dụng thành Bộ Giao thông Vận tải và Bưu điện.
Năm 1992, ngành Bưu điện và ngành Hàng không tách ra khỏi Bộ Giao thông Vận tải và Bưu điện. Bộ Giao thông trở lại tên cũ là Bộ Giao thông Vận tải từ đó cho đến nay. Tuy nhiên, đến năm 2003, Cục Hàng không dân dụng trở lại trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải.
Căn cứ theo Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ[4] quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ, và Nghị định số 56/2022/NĐ-CP ngày 24/8/2022 của Chính phủ[5] quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Giao thông vận tải, Bộ thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các lĩnh vực chính:
Kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải và hàng không dân dụng.
Phương tiện giao thông, các tổng thành, hệ thống, linh kiện phụ tùng của phương tiện giao thông; phương tiện, thiết bị thăm dò, khai thác, vận chuyển trên biển; phương tiện, thiết bị xếp dỡ, thi công chuyên dùng; máy, thiết bị, vật tư có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn, vệ sinh lao động trong giao thông vận tải (trừ phương tiện phục vụ vào mục đích quốc phòng, an ninh và tàu cá) và trang bị, thiết bị kỹ thuật chuyên dùng.
Vận tải đường bộ, đường sắt, đường thủy nội địa, hàng hải[6], hàng không dân dụng và vận tải đa phương thức.
Quy định việc đào tạo, huấn luyện, sát hạch, cấp, công nhận, thu hồi giấy phép, bằng, chứng chỉ chuyên môn cho người điều khiển phương tiện giao thông, người vận hành phương tiện, thiết bị chuyên dùng trong giao thông vận tải (trừ người điều khiển phương tiện, thiết bị chuyên dùng phục vụ vào mục đích quốc phòng, an ninh và tàu cá); đăng kiểm viên, nhân viên nghiệp vụ kiểm định và đối tượng làm việc đặc thù trong lĩnh vực giao thông vận tải theo thẩm quyền.
Vụ Quản lý doanh nghiệp (không được quy định, tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ hoàn thành việc tái cơ cấu Tổng công ty Công nghiệp Tàu thủy)
Cục Y tế Giao thông vận tải (không được quy định, tiếp tục duy trì hoạt động theo quy định hiện hành cho đến khi Bộ hoàn thành việc bàn giao nguyên trạng các cơ sở y tế cho các đơn vị liên quan)
Khối tổ chức sự nghiệp và các ban quản lý dự án trực thuộc bộ
Các đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước
