З початком періоду, який історики називають «Руїна» почалася громадянська війна на Гетьманщині. Після підписання гетьманом Юрієм Хмельницьким так званого Слободищенського (Чуднівського) трактату частина козацтва (насамперед на Лівобережжі) не визнала його, підтвердила присягу царю Олексію Михайловичу та почала збройну боротьбу з «хмельниченками». Одним з головних противників трактату став колишній переяславський полковник, а на той час — наказний гетьман, і дядько Юрася Хмельниченка, Яким Сомко. Восени 1660 року, довідавшись про підписання трактату, він приїхав у рідний Переяслав. Полк розгромили польсько-татарські війська під Чудновом, а основна частина його старшини[7], у тому числі полковник Тиміш Цицюра[8], потрапили в полон.
Власне, Семен Гладкий був одним з небагатьох, хто не брав участі в поході. У полковому уряді він був осавулом.[4] Гладкий став полковим осавулом з початком Руїни в лютому 1658 року й був на уряді до жовтня 1660 року. У цій якості очолював посольства до московського царя. Отримав пару в 4 рублів «от сбиранья подвод».[5] Юрій Хмельницький здійснив спробу підняти Переяславський полк проти московського гарнізону, про що і просив у листі до Гладкого. Однак 23 жовтня (2 листопада) 1660 року до Переяслава вступив товариш воєводи Григорія Ромодановського, князь Борис Мишецький[ru]. Сомко, якого підтримав Гладкий, заявив про свою вірність царю.[9]
На полковій старшинській раді Якима обрали полковником. У Переяславському полку після поразки під Чудновом довелося відновлювати управління. З 1660 року, і впродовж двох наступних років, Семен був у генеральній старшині Якима Сомка генеральним осавулом.[3]13 (23) травня 1662 року Семен Гладкий замінив Сомка, на посаді Переяславського полковника.[4] Завдяки дослідженню американського історика українського походження Юрія Гаєцького[10],стало відомо, що Гладкий був у генеральній старшині Сомка суддею[11] з 1662 року і аж до чорної ради 1663 року.[3] Полковницький пірнач, натомість, отримав родич Сомка, Опанас Щуровський.[4]
Заруба В. М. Козацька старшина Гетьманської України (1648—1782): персональний склад та родинні зв'язки. — Дніпропетровськ : ЛІРА, 2011. — 932 с. — ISBN 978-966-383-297-5.
