Професійну кар'єру розпочав 2010 року на батьківщині виступами за команду «Шоле», за яку грав протягом 3 сезонів.
2013 року був обраний у першому раунді драфту НБА під загальним 27-м номером командою «Денвер Наггетс». Проте кар'єру в НБА розпочав виступами за «Юта Джаз», куди був обміняний одразу після драфту.[1]
9 січня 2015 року в матчі проти «Оклахоми» зробив рекордні у кар'єрі 7 блок-шотів.[2] 3 березня 2016 року у матчі проти «Мемфіса» набрав 15 очок та зробив рекордні у кар'єрі 24 підбирання.[3] У квітні також двічі набирав рекордні для себе 20 очок за матч, а сезон закінчив з 25-ма дабл-даблами.[4] Зайняв третю сходинку у голосуванні за Найбільш прогресуючого гравця НБА.[5]
31 жовтня 2016 року підписав новий чотирьохрічний контракт на суму 102 млн. доларів,[6] що зробило його на той момент найоплачуванішим спортсменом Франції.[7] 6 грудня 2016 року в матчі проти «Фінікса» набрав 22 очки.[8] 20 січня 2017 року в матчі проти «Далласа» набрав 27 очок та 25 підбирань.[9] 20 березня в матчі проти «Індіани» набрав 16 очок, 14 підбирань та рекордні для себе 8 блок-шотів. Через два дні в матчі проти «Нью-Йорка» набрав 35 очок та зібрав 13 підбирань.[10] У плей-оф допоміг команді пройти «Лос-Анджелес Кліпперс» у першому раунді,[11] проте у другому раунді «Юта» вилетіла від «Голден-Стейт Ворріорз». За підсумками сезону був включений до Другої збірної НБА та Збірної всіх зірок захисту НБА.[12]
12 січня 2019 року в матчі проти «Чикаго» зробив рекордні для себе 8 результативних передач.[14] 25 березня в матчі проти «Фінікса» набрав 27 очок та встановив рекорд НБА за кількістю слем-данків за сезон. Зробивши 270-й слем-данк, він обігнав Двайта Говарда, який зробив 269 кидків зверху у сезоні 2007-2008.[15] Загалом Гобер виконав 306 данків того сезону.[16] За підсумком сезону вдруге поспіль був визнаний найкращим захисним гравцем НБА. Згодом був також названий найкращим французьким баскетболістом року.
Взимку 2020 року вперше взяв участь у матчі всіх зірок НБА. 11 березня отримав позитивний результат тестування на ковід. Два дні перед тим, відповідаючи на запитання про вірус, він демонстративно доторкнувся до всіх мікрофонів на прес-конференції. У той же час захворів і його партнер по команді Донован Мітчелл. Після цього інциденту НБА ухвалила рішення відкласти проведення чемпіонату на невизначений термін. Одужавши, Гобер перерахував 500 тисяч доларів на боротьбу з наслідками пандемії, спричиненої вірусом. Чемпіонат відновили 30 липня в так званій «бульбашці» (коли всі команди перебувають ізольованими від зовнішнього світу), а Гобер став першим гравцем, який відзначився у матчі.
20 грудня 2020 року підписав новий п'ятирічний контракт з «Ютою» на суму 205 млн. доларів, що стало найбільшою угодою для центрового в історії НБА. Взимку 2021 року вдруге взяв участь у матчі всіх зірок НБА. 22 грудня в матчі проти «Чикаго» зробив рекордні для себе 9 блок-шотів. 9 червня втретє в кар'єрі був названий Найкращим захисним гравцем НБА.
3 лютого 2022 року втретє поспіль був запрошений для участі в матчі всіх зірок НБА.