За 20 років служби у складі ВМФ СРСР, здійснив 14 далеких походів, у тому числі 1971 року відвідав Гавану, 1977 року під час бойової служби здійснив візит до Тунісу.
Човен вперше став на ремонт 1972 року, завершивши тривалу бойову службу в Атлантиці. У 1979—1981 роках підводний човен пройшов середній ремонт у Кронштадті.
Влітку 1990 року по внутрішніх водних шляхах човна переведено на Чорне море. 27 серпня1990 року він увійшов до складу Чорноморського флоту, був зарахований до 153-ї бригади 14-ї дивізії підводних човнів. Базувався в Південній бухті Севастополя.
У 1997 році, під час розділу Чорноморського флоту СРСР між Росією та Україною, «Б-435» передано Україні і він дістав ім'я U-001 «Запоріжжя».
До складу ВМС ЗС України субмарину було передано зі складу Чорноморського флоту Російської Федерації влітку 1997 року і 11 липня перейменовано в «Запоріжжя» (бортовий номер U01), а 21 липня човен офіційно увійшов до складу ВМС ЗС України і 1 серпня урочисто підняв національний воєнно-морський прапор.
Історія ремонту човна затягнулася на півтора десятиріччя. З 1991 по 1994 рік підводного човна лагодили росіяни. Але коли в нього сіли батареї, російські моряки вирішили з човном «не морочитися» й передали знеструмлену субмарину українському флотові.
Україна ремонтує «Запоріжжя» з 2001 року. Акумулятори придбали у грецької компанії «Germanos S.A.» ще 2003 року, але сім років не було коштів на їх встановлення. За графіком, ремонт мав закінчитися ще 2004 року. Але з того часу фінансування не проводили зовсім, тож акумуляторну батарею вимушені були тримати на березі.
У ході ремонту проведено роботи із заміни ділянок обшивки корпусу, ремонт донно-забортної арматури, торпедних апаратів, гвинто-стернового комплексу, сальників дейдвуда, монтаж носового шпиля, очищення й фарбування корпусу й цистерн головного баласту. Одночасно з ремонтуванням на судні проводили бойові навчання[2].
На підводного човна були встановлені акумуляторні батареї та розпочаті швартові випробування. Станом на 18 лютого2010 року субмарина була готова на 92 %.
У грудні 2010 року підводний човен був готовий вийти в море[3].
З 15 по 31 грудня 2010 року підводний човен проходив швартові випробування. На першому етапі випробувань було перевірено роботу головної енергетичної установки корабля, а також систем її обслуговування й механізмів, частину загальнокораблевих систем, відремонтовано і змонтовано гідроакустичні станції, техніку зв'язку.
Згідно до наказу Міністра оборони України Михайла Єжеля, ходові випробування підводного човна «Запоріжжя» ВМС ЗС України було передбачено провести до 31 травня 2011 року[4].
20 березня2012 року підводний човен вперше за останні декілька років покинув судноремонтний завод[5].
25 квітня2012 року, завершивши швартові випробування, підводний човен «Запоріжжя» залишив заводську причальну стінку, де він перебував у ремонті, і в надводному положенні вийшов із Севастопольської бухти в Чорне море. Починаючи з 1993 року це був перший вихід човна з використанням власної силової установки[6].
Протягом ІІ півріччя 2012 року було заплановано завершити ходові випробування та ввести підводний човен «Запоріжжя» в бойовий склад ВМС ЗС України[7].
18 липня2012 року підводний човен «Запоріжжя» під час ходових випробувань успішно здійснив пробне занурення. Перед цим човен занурювався 18 років тому[8]
12 травня 2013 року «Запоріжжя» разом з російським підводним човном Б-871 «Алроса» був присутній на святкуванні 230-річчя Чорноморського флоту в Севастополі.
26 червня2013 року завершено роботи з багаторічного ремонту підводного човна.
Всі укладені на ремонт підводного човна контракти виконані. Успішно проведені ходові випробування. Екіпаж зможе приступити до виконання завдань.
— Командувач українськими ВМС, віце-адмірал Юрій Ільїн[9]
З липня 2014 року підводний човен перебував на тимчасовій стоянці в Стрілецькій бухті Севастополя. «Запоріжжя» явно не планували повертати ВМС ЗС України і воно залишиться Росії[10].
Росія хоче утилізувати захоплений у 2014 році підводний човен «Запоріжжя» (U-001) проєкту 641 ВМС ЗС України. Відповідне рішення оголосило Міністерство оборони Росії на тендері по утилізації ряду кораблів. У самому тендері вказується про намір ліквідувати підводний човен проєкту 641 без вказання якого саме човна, проте відомо, що в розпорядженні Росії є тільки один підводний човен цього проєкту — захоплена у 2014 році субмарина «Запоріжжя» (U-001)[11].
У березні 2020 року підводний човен «Запоріжжя» перебазували до бухти Інженерна до раніше переміщених у Севастополі кораблів: нафтозбирального судна МУС-482, гідрографічного катера «Сквира» (U635), протидиверсійного катера «Феодосія» (U240), середнього розвідувального корабля «Славутич» проєкту 12884 та великого десантного корабля «Костянтин Ольшанський» проєкту 775[12][13].
В жовтні 2024 року, згідно повідомлення видання USM, російські окупанти запланували виставити підводний човен «Запоріжжя» як експонат в одному з музеїв на території тимчасово окупованого Криму. «Музеєфікацію» човна планують здійснити до завершення 2025 року[14].
Екіпаж
Командиром корабля є капітан 2-го рангу Роберт Шагеєв[15]. Відповідно до досягнутих домовленостей влітку 2010 року між міністрами оборони України та Російської Федерації, у російських навчаннях восени 2010 р. брали участь четверо українських офіцерів-підводників. Вони стажувалися на посадах вахтових офіцерів і командирів бойових частин на борту єдиного боєздатного підводного човна Чорноморського флоту Російської ФедераціїБ-871 «Алроса»[16][17].
