Екорегіон гірських дощових лісів Борнео охоплює високогір'я Борнео або Калімантану, найбільшого острова Малайського архіпелагу. Цей третій за площею острів світу розділений між трьома країнами — більша його частина належить Індонезії, на північному заході острова лежить султанат Бруней та малайзійський штат Саравак, а на півночі острова — малайзійський штат Сабах. Гірські дощові ліси екорегіону охоплюють територію всіх трьох країн.
Гори Калімантану простягаються переважно з північного сходу на південний захід через центральну частину острова. Найвищими горами регіону є гори Крокер[en] та Трусмаді[en], які лежать на півночі острова та розділяють Сабах на західну та східну частини. Середня висота хребта Крокер становить 1700 м над рівнем моря, а його найвищою вершиною є гора Кінабалу заввишки 4095 м. Найвищою вершиною хребта Трусмаді є гора Трусмаді[en] заввишки 2642 м. У північній частині Сараваку лежить нагір'я Келабіт[en], найвищою вершиною якого є гора Муруд[en] заввишки 2424 м. Вздовж кордону Індонезії та Сараваку простягаються гори Іран[en], які далі на південний захід переходять у гори Капуас-Хулу[pl], гори Мюллера[pl] та гори Шварнера[pl]. На південному сході Калімантану розташовані ізольовані гори Мератус[en], які простягаються з півночі на південь та відділені від основного гірського масиву приблизно на 300 км. Їхньою найвищою вершиною є гора Бесар заввишки 1901 м. З геологічної точки зору основу гір Калімантану складають старі осадові та вулканічні породи. Ґрунти переважно представлені червоноземами та інцептісолями[en], які менш родючі і більш кислі, ніж ґрунти низовин.
В межах екорегіону домінує вологий екваторіальний клімат (Af за класифікацією кліматів Кеппена). Зі збільшенням висоти на кожні 1000 м середня температура падає приблизно на 5 °C, що еквівалентно зміні широти на 10°. Це частково пояснює, чому у високогір'ях Калімантану зустрічаються рослини, які зазвичай поширені в регіонах з помірним кліматом. Середньорічна кількість опадів на Борнео перевищує 4000 мм. У високогір'ях опадів випадає більше, ніж на рівнинах. Багато лісів також отримують вологу з хмар, якими оповиті високогір'я острова.
Флора
На висоті від 1000 до 1200 м над рівнем моря поширені гірські дощові ліси. Представників родини діптерокарпових (Dipterocarpaceae) тут зустрічається менше, ніж у низинних лісах. Замість них в низькогірських лісах поширені різні види дубів (Quercus spp.), літокарпусів (Lithocarpus spp.) та кастанопсисів (Castanopsis spp.) з родини букових (Fagaceae), а також різні представники родини миртових (Myrtaceae) та деякі хвойні дерева, зокрема різні види дакридіумів (Dacrydium spp.) і ногоплідників (Podocarpus spp.) та борнейські каурі (Agathis borneensis). На висоті понад 1500 м над рівнем моря поширені високогірні хмарні ліси, а на найвищих вершинах — альпійські луки.
Зі збільшенням висоти в гірських лісах спостерігаються три основні зміни. По-перше, зменшується висота лісового намету, яка у високогір'ях становить від 10 до 20 м над землею. Емерджентні[de] дерева, такі як туалангові дерева[en] (Koompassia excelsa), характерні для рівнинних лісів, в екорегіоні відсутні. По-друге, змінюється форма і розмір листя. У рівнинних лісах переважають породи дерев з середнім або великим листям, які часто характеризуються широкими дошкоподібними коренями, тоді як у гірських лісах переважають стрункі дерева з дрібним листям та пласкими кронами. По-третє, збільшується кількість епіфітів. Орхідеї, папороті, мохи, лишайники та печіночники більш поширені у високогір'ях, ніж у рівнинних лісах. Високогірні ліси Борнео мають багато спільних видів, особливостей структури та зовнішнього вигляду з пустищними лісами.
Гірська флора Борнео включає безліч видів азійського та австралазійського походження, що робить її однією з найрізноманітніших на Землі. Найчастіше в екорегіоні зустрічаються представники родин Араукарієві (Araucariaceae), Клетрові (Clethraceae), Вересові (Ericaceae), Букові (Fagaceae), Лаврові (Lauraceae), Миртові (Myrtaceae), Подокарпові (Podocarpaceae), Симплокові (Symplocaceae) та Чаєві (Theaceae). В горах Борнео спостерігається особливо високе різноманіття хижих рослин, рододендронів та орхідей. Тут зустрічається більше п'ятнадцяти видів непентесів (Nepenthes spp.), а також кілька видів росичок (Drosera spp.) та пухирників (Utricularia spp.) — комахоїдних рослин, які найбільш поширені в районах з великою кількістю опадів та невисоким, відкритим лісовим наметом. Для флори регіону характерні рододендрони (Rhododendron spp.), які пристосувалися до суворих високогірних умов та кислих, заболочених ґрунтів. Світлі та вологі хмарні ліси забезпечують ідеальні умови для росту багатьох видів орхідей, які найчастіше виступають тут як епіфітні види.
Серед вапнякових скель екорегіону зустрічаються унікальні рослинні угруповання, що включають багато ендемічних видів. Особливо багатою є флора гори Апі[en]. Тут спостерігається порушення висотної зональності, порівняно з лісами, що ростуть на інших субстратах, а гірські птахи зустрічаються на нетипово низьких висотах. Ультраосновні гірські породи, які складають частини хребта Крокер та гори Кінабалу, створюють умови для формування ґрунтів, які багаті на металеві елементи (нікель, кобальт, хром, марганець), характеризуються високим катіонним дисбалансом та дефіцитом деяких поживних речовин, таких як калій і фосфор. Рослинні угруповання, що ростуть на ультраосновних ґрунтах, демонструють нижчий зріст і меншу біомасу, вищий рівень ендемізму та чіткий видовий склад порівняно з типовими гірськими рослинними угрупованнями на подібних висотах. В горах Меліган та на плато Усун-Апау[en] зустрічаються високогірні заболочені ліси, які допомагають регулювати водопостачання в районах, розташованих нижче за течією.
Фауна
Помітна різниця в структурі та видовому складі між рівнинними та гірськими дощовими лісами Борнео впливає на розподіл фауністичних угруповань, що зустрічаються в цих екорегіонах. Тварини в гірських регіонах зіштовхуються з несприятливим кліматом, відсутністю притулку та нестачею їжі. Наприклад, на горі Мулу[en] в Сараваку серед 171 виду птахів, що живуть на його низинних схилах, більшість не трапляється на висоті понад 900 м над рівнем моря, а в лісах на вершині цієї гори, на висоті понад 1300 м над рівнем моря, зустрічається лише 12 видів птахів. Подібним чином видове різноманіття ссавців має тенденцію до зменшення зі збільшенням висоти над рівнем моря. Більшість видів приматів віддають перевагу низовинам, а калімантанські орангутани (Pongo pygmaeus), гібони та лангури демонструють значне скорочення чисельності між 500 і 1500 м над рівнем моря. Однак густота популяцій південних свинохвостих макак (Macaca nemestrina) та макак-крабоїдів (Macaca fascicularis) майже однакова як у рівнинних, так і в гірських регіонах, що, можливо, пояснюється більш різноманітним раціоном.
Майже три чверті гірських лісів екорегіону залишаються незайманими, а близько чверті території регіону перебувають під охороною. Амбітна угода між урядами Індонезії, Малайзії та Брунею, укладена у 2007 році, покликана захистити незайману природу "серця Борнео[en]". Гірські ліси Борнео здебільшого не постраждали під час масштабних пожеж 1997-1998 років, які знищили величезні площі рівнинних лісів. З огляду на швидку втрату рівнинних лісів, гірські ліси Борнео можуть слугувати останнім притулком для багатьох видів. Однак масштабна комерційна лісозаготівля, розширення плантацій олійної пальми, лісові пожежі та незаконні вирубки продовжують залишатися серйозними загрозами. Жахливий стан борнейських носорогів, яких у дикій природі залишилося заледве кілька десятків, є яскравим свідченням загрози ендемічним і зникаючим видам.