Наприкінці фіналу сьомого сезону Фокс Малдер був викрадений прибульцями. Дейна Скаллі зустрічає спеціального агента Джона Доггетта, лідера оперативної групи ФБР, організованої для проведення пошуків Малдера. Незважаючи на те, що пошуки врешті-решт виявилися невдалими, Доггетт був призначений для «Секретних матеріалів» і разом зі Скаллі шукав пояснення кількох випадків. Коли Скаллі дізнається, що кілька жінок, як повідомляється, були викрадені та завагітніли інопланетними немовлятами, вона починає сумніватися у власній вагітності та боїться за свою ненароджену дитину.
Доггетт знайомить Скаллі зі спеціальною агенткою Монікою Рейес, фахівчинею ФБР з ритуальних злочинів, незадовго до того, як тіло Малдера раптово з'являється в лісі вночі. Після похорону Малдера Алекс Крайчек погрожує помічнику режисера Волтеру Скіннеру, що він повинен убити дитину Скаллі до її народження. Біллі Майлз, багаторазовий викрадений, який зник тієї ж ночі, що й Малдер, повертається мертвим, але його мертве тіло воскресає та повертається до повного здоров’я. Малдер також повертається після смерті, а Скаллі спостерігає за його відновленням. Повністю відродившись, Малдер розслідує кілька «Секретних матеріалів» всупереч наказу, але незабаром його звільняють, залишивши Доггетта відповідальним за справи. Малдер продовжує надавати внесок у неофіційній якості.
Неохоче прийнявши допомогу Крайчека, Малдер, Доггетт і Скіннер дізнаються, що інопланетний вірус, нещодавно таємно створений членами уряду Сполучених Штатів, замінив кількох людей, у тому числі Майлза та кількох високопоставлених співробітників ФБР, так званими інопланетними «Суперсолдатами». Крайчек стверджує, що солдати — практично нестримні прибульці, які хочуть бути впевненими, що люди не переживуть колонізацію Землі. Вони дізналися, що дитина Скаллі на диво особлива дитина. Вони лише нещодавно дізналися про важливість дитини, тому Крайчек сказав Скіннеру вбити ненароджену дитину раніше. Коли Майлз прибуває до штаб-квартири ФБР, Малдер, Доггетт, Скіннер і Крайчек допомагають Скаллі втекти разом із Рейєс на віддалену ферму. Невдовзі після того, як Скіннер вбиває Крайчека, Скаллі народжує начебто нормальну дитину, а суперсолдати інопланетян оточують її. Без пояснень інопланетяни залишають територію, коли прибуває Малдер. Поки Доггетт і Рейес звітують у штаб-квартирі ФБР, Малдер забирає Скаллі та їхнього новонародженого сина Вільяма назад до її квартири, де Скаллі і Малдер зізнаються одне одному в почуттях і цілуються.
Теми
Події восьмого сезону «Секретних матеріалів» розгортаються в науково-фантастичному середовищі та використовують загальні науково-фантастичні концепції сильно диференційованих персонажів, які борються з однозначно злим ворогом, у даному випадку — інопланетними колоністами. Перший епізод сезону – «самотність» і «біль» після зникнення Малдера. «Per Manum» включав основні теми, поширені в серіалі, такі як «темний, передчуваючий терор», «переважне відчуття параної» та «страх перед невідомим», серед інших. Пізніше смерть і воскресіння стали основною підтемою сезону, де Джона Доггетта вбивають і він воскресає, а пізніше, коли Малдер повертається до життя після того, як він, очевидно, був мертвий через три місяці. Ця підтема триватиме й у дев’ятому сезоні. Основна сюжетна арка сезону стосується ідеї про те, що інколи людство становить більшу небезпеку для самого себе. Ця тема проявляється через Синдикат і змову людей з інопланетянами.
