У центрі серіалу — спеціальні агенти ФБР Дейна Скаллі і Фокс Малдер, які працюють над справами, пов’язаними з паранормальними явищами під назвою «Секретні матеріали». Коли Синдикат підозрює, що один із їхніх членів передає інформацію Малдеру та Скаллі, вони організовують пастку для канарок, щоб знайти витік, використовуючи інформацію про безпеку матері Малдера як приманку. Роль Ікса як інформатора виявляється, і його застрелюють, хоча він зміг передати ім’я іншого інформатора, який може бути корисним Малдеру — Маріти Коваррубіас, спеціальної представниці Генерального секретару ООН. До Коваррубіас звертаються за допомогою, коли Малдер намагається дістатися Тунгуски, щоб дослідити джерело подальшого забруднення мазутом. Там Малдера тримають у ГУЛАГу та використовують як успішного піддослідного для вакцини чорної олії. Він втікає та повертається до Америки, дізнавшись, що Алекс Крайчек працює з росіянами.
Оскільки у неї виявили рак, Скаллі не впевнена у своєму майбутньому з ФБР. Малдер переконаний, що її стан є результатом її попереднього викрадення, і готовий укласти угоду з Синдикатом, щоб знайти ліки. Його відмовляє Волтер Скіннер, який замість нього таємно укладає таку угоду. Коли його переслідує вбивця, відповідальний за фальшивий труп прибульця, виявлений на вершині гори, Малдер імітує власне самогубство, понівечивши обличчя вбивці, щоб отримати тіло-приманку. Він використовує відволікання, яке пропонує це, щоб проникнути в Пентагон, щоб знайти ліки від раку Скаллі, тоді як Скаллі вдається розкрити та розкрити зв’язок Синдикату в ФБР.
