У дорослому футболі дебютував 1988 року в клубі «Рівер Плейт» (Асунсьйон), в складі якого провів три сезони. За цей клуб відіграв 26 матчів і забив 10 голів.
Два сезони провів у Європі, грав за швейцарський «Санкт-Галлен». Із цього клубу отримав запрошення до збірної Мексики.
В 1992 році надягнув футболку чилійського «Універсідад Католіка». У складі цієї команди грав у фіналі кубка Лібертадорес. В найпрестижнішому клубному турнірі Південної Америки провів 13 матчів (1 гол).
З наступним клубом — «Олімпією» виграв титул чемпіона Парагваю.
В сезоні 1994/95 перейшов до мексиканської команди «Толука». Виграв у складі цієї команди чотири чемпіонати Мексики та кубок чемпіонів КОНКАКАФ. Найкращий гравець та бомбардир в історії клубу.
«Крус Асуль» у 2001 році орендував футболіста для участі у кубку Лібертадорес. Хосе Кардосо провів 7 матчів (4 голи) і вдруге в своїй кар'єрі грав у фіналі цього турніру.
Завершив професійну кар'єру футболіста у складі аргентинського «Сан-Лоренсо» (сезон 2005/06).
За 15 років кар'єри у головній команді країни провів 83 матчі і забив 25 голів. Найкращий бомбардир в історії збірної Парагваю.[1]
Кар'єра тренера
Розпочав тренерську кар'єру у клубі «Олімпія» (Асунсьйон). Цей клуб очолював тричі. В перерві у 2011-2012 роках працював з мексиканським клубом «Керетаро».