26 серпня 2006 року де лос Кобоса призначили тренером національної збірної Сальвадору з футболу. Першим велиеим турніром на тренерському містку збірної Сальвадора на Золотому Кубку КОНКАКАФ 2007 року. Сальвадор потрапив до групи з чинними переможцями Золотого кубку КОНКАКАФ США, Гватемалою, Тринідаду і Тобаго. Після двох поразок та 1 перемоги Сальвадор та Тринідад і Тобаго не змогли вийти у чвертьфінал.
У першому раунді кваліфікації чемпіонату світу 2010 року Сальвадор вибив Ангілью з рахунком 16:0 і пройшов до другого раунду, де за сумою двох матчів обіграв Панаму та вийшов у третій раунд. Потім йому вдалося вивести Сальвадор до Гексагоналу, що є останнім кваліфікаційним раундом для зони КОНКАКАФ. Востаннє Сальвадор проходив кваліфікацію до Гексагоналу в кваліфікації чемпіонату світу 1998 року. 14 грудня 2009 року де лос Кобос оголосив, що не продовжуватиме працювати головним тренером збірної Сальвадору після закінчення контракту. Він зазначив, що однією з причин не продовжити контракт є те, що фахівець втратив мотивацію продовжувати працювати в збірній[1].
8 січня 2010 року Карлос де лос Кобос став новим головним тренером «Чикаго Файр». Під керівництвом мексиканського тренера американський клуб вдруге у власній історії пропустив плей-оф в 2010 році та закріпився поблизу нижньої частини ліги з балансом матчів 1–4–6. 30 травня 2011 року де лос Кобоса звільнили та замінений на Френка Клопаса.
Особисте життя
Дружина — Мейті, пара має двох дітей — Рафаеля та Пауліну[2].
