Море включає Філіппінську і Західно-Маріанську котловини, розділених підводним хребтом Кюсю-Палау. У південно-західній частині моря знаходиться більша частина глибоководного Філіппінського жолобу, який проходить уздовж східного узбережжя Філіппінських островів[3]. Поверхневі течії утворюють майже замкнуту антициклонну циркуляцію. Між 10° і 20° північної широти проходить Північна Пасатна течія. На схід від острова Тайвань починається течія Курошіо.
Акваторія моря поділяється на ряд морських екорегіонів: Центрального Куросіо помірної тихоокеанської зоогеографічної провінції на півночі; Південного Куросіо і Східних Філіппін — на заході, Островів Огасавара і Маріанських — на сході, Західних Каролінських островів центральної індо-пацифічної — на півдні[4]. У зоогеографічному відношенні донна фауна континентального шельфу й острівних мілин до глибини 200 м відноситься до індо-західнопацифічної області тропічної зони[5].
Курсивом зазначено акваторії Світового океану, що за своїми гідрологічними характеристиками відповідають визначенню море, але історично носять іншу назву. * — у сучасній географії термін не використовується. За іншими класифікаціями належить ¹ до Атлантичного океану. ² до Індійського океану. ³ до Тихого океану.
