Народився 30 липня1983 року в місті Буенос-Айрес. Вихованець футбольної школи клубу «Уракан». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 2001 року в основній команді того ж клубу, в якій провів чотири сезони, взявши участь у 60 матчах чемпіонату, та залишився в команді навіть після вильоту в нижчий дивізіон два роки по тому.
У сезоні 2005-06 виступав за італійський «Палермо» в умовах жорстокої конкуренції з боку місцевих воротарів (за сезон крім Андухара в клубі виступали ще 4 голкіпери). Всього Маріано провів 11 матчів у італійській Серії A, 7 — в Кубку УЄФА і 3 — в Кубку Італії.
2006 року Андухар приєднався до команди Дієго Сімеоне — «Естудьянтесу», і став одним з ключових гравців у команді, яка виграла золото Апертури 2006 року. Андухар провів 16 з 19 матчів у турнірі та пропустив у них лише 9 голів. Він також брав участь у «Золотому матчі» проти «Боки Хуніорс», що закінчився перемогою «Естудіантеса» 2:1 і клуб уперше за 23 роки став чемпіоном Аргентини.
2008 року «Естудіантес» дійшов до фіналу Південноамериканського Кубка — це був перший міжнародний фінал для клубу з 1971 року. Клуб з Ла-Плати поступився бразильському «Інтернасьйоналу».
2009 року Андухар став одним з героїв переможної кампанії «Естудьянтеса» в головному південноамериканському турнірі — Кубку Лібертадорес. Маріано встановив рекорд турніру, не пропустивши голів у свої ворота протягом 800 хвилин. Попередній рекорд належав Уго Гатті (767 хвилин). Перемога над «Крузейру» принесла четвертий Кубок Лібертадорес «Естудіантесу», причому перші три були завойовані клубом у 1968—1970 роках, відповідно, це був перший міжнародний трофей для клубу за 39 років.
24 червня 2009 року було оголошено про перехід після закінчення Кубка Лібертадорес Маріано Андухар в італійську «Катанію». Контракт розрахований на 4 роки[4].
Протягом 2012 року недовго захищав кольори «Естудьянтес», після чого повернувся в «Катанью». Встиг відіграти за сицилійський клуб 134 матчі в національному чемпіонаті.
2014 року перейшов до «Наполі», де здебільшого був резервним голкіпером.
2015 року повернувся на батьківщину, знову приєднавшись до «Естудьянтес».
Виступи за збірну
Влітку 2009 року головний тренер збірної Аргентини Дієго Марадона нарешті дозволив дебютувати Маріано за головну команду країни, куди Андухар залучався як резервний гравець ще з 2007 року. Дебютна гра відбулася 6 червня проти збірної Колумбії. Андухар відіграв «на нуль» та Аргентина здобула домашню перемогу 1:0. Грав також Андухар і в товариському матчі аргентинців проти Росії у серпні 2009 року, який Аргентина виграла з рахунком 3:2.
