Мануель почав свою кар'єру в резервній команді «Осасуни» у 1997 році, відігравши в її складі два сезони в третьому дивізіоні іспанського футболу. Після цього воротар провів два роки в оренді — в «Картахені» і «Сабаделі» а потім приєднався до клубу «Сельта».
Тим не менше, незабаром після переходу в клуб із Примери, Альмунія знову був відданий в оренду в команду другого дивізіону «Ейбар», де він провів сезон 2001—02 першим воротарем. Сезон 2002—03 Мануель провів у «Рекреативо» з Уельви як третій воротар і зіграв лише дві зустрічі в чемпіонаті. Дебют голкіпера відбувся 17 листопада2002 року, коли основний воротар був вилучений з поля в матчі з «Депортіво Алавес»[4], який «Рекреатіво» програв 0:3.
Потім Альмунія знову відправився в оренду, цього разу — в «Альбасете». У складі своєї нової команди він дебютував в листопаді 2003 року в матчі з «Малагою», який його новий клуб програв з мінімальним рахунком. Попри це, Мануель домігся місця в основному складі, зіграв 24 зустрічі в тому сезоні і допоміг «Альбасете» фінішувати на 14-му рядку в підсумковій таблиці[5].
Незважаючи на помилку, Альмунія отримав шанс дебютувати в Прем'єр-лізі. Першою зустріччю Мануеля у чемпіонаті став переможний матч проти «Бірмінгема» (3:0) 4 грудня2004 року, а трьома днями пізніше іспанець зіграв свою першу зустріч у Лізі Чемпіонів з «Русенборгом», яка завершилася з рахунком 5-1 на користь «Арсеналу». Будучи другим голкіпером, Альмунія грав переважно в кубкових зустрічах, де зміг показати свою здатність парирувати пенальті — завдяки двом взятим Альмунією ударам з точки «Арсенал» здолав «Шеффілд Юнайтед» у Кубку Англії і пробився у чвертьфінал.
2005—2006
У сезоні 2005—2006 Альмунія не зіграв жодної зустрічі в чемпіонаті, але отримав можливість вийти в п'яти з шести зустрічей групового раунду Ліги Чемпіонів. Фінал турніру проти «Барселони» Альмунія почав на лавці запасних, але вийшов на поле після видалення Єнса Леманна і відразу ж врятував команду від пропущеного гола, перевівши удар Самуеля Ето'о в штангу. Тим не менш, воротар не зміг впоратися з діями іспанської команди. У другому таймі Самуель Ето'о зрівняв рахунок у матчі, а за десять хвилин до кінця Жуліано Белетті забив вирішальний м'яч.
2006—2007
У сезоні Альмунія 2006—2007 постійно виходив у Кубку Англії і Кубку Ліги, зігравши в фіналі останнього. Єдиною зустріччю в чемпіонаті того року для Альмунії стала домашня гра з «Ліверпулем» яку «Арсенал» виграв з рахунком 3:0.
2007—2008
Через травми і дві серйозні помилки Єнса Леманна, зроблені в стартових зустрічах з «Фулгемом» і «Блекберном», Альмунія був заявлений у стартовому складі на третю гру чемпіонату з «Манчестер Сіті». Альмунія продовжив підміняти Леманна у вересні та жовтні 2007 року, і виступи в ці два місяці дозволили йому раптово стати першим воротарем в команді Арсена Венгера. Мануель продовжив виступати на вищому рівні, знову показавши свою здатність брати удари з точки, взявши пенальті Роббі Кіна у південнолондонському дербі з «Тоттенгемом»22 грудня2007 року. 3 квітня2008 року Альмунія підписав новий довгостроковий контракт з клубом[6].
2008—2009
Після того як Єнс Леманн перейшов до «Штутгарта» влітку 2008 року, Альмунії був відданий перший номер. Мануель вперше одягнув капітанську пов'язку в матчі Ліги Чемпіонів проти «Фенербахче», який завершився перемогою «Арсеналу» з рахунком 5:2. 15 листопада Мануель знову показав свої здібності при пробитті пенальті, взявши удар Ешлі Янга в матчі з «Астон Віллою». Після того, як капітанська пов'язка перейшла від Вілльяма Галласа до Сеска Фабрегаса, Альмунія став одним з віце-капітанів команди. Реакція Мануеля знову допомогла команді — цього разу в серії пенальті проти «Роми» в 1/8 фіналу Ліги Чемпіонів. Альмунія взяв один удар римлян з точки, і в результаті «Арсенал» переміг по пенальті 7:6. 21 березня, в матчі чемпіонату Англії з «Ньюкаслом», Мануель взяв пенальті Обафемі Мартінса, а «каноніри» здобули перемогу 3:1. Одним з особистих досягнень воротаря в сезоні 20082009 став матч півфіналу Ліги Чемпіонів проти «Манчестер Юнайтед» на «Олд Траффорд», який «Арсенал» програв з мінімальним рахунком, але Альмунія багато разів виручав команду у безнадійних ситуаціях.
Наступний сезон Альмунія також розпочав в далекому запасі, тому 30 вересня2011 року він був взятий у термінову оренду до «Вест Хем Юнайтед», який через травму втратив основного голкіпера Роберта Гріна. Альмунія дебютував за «молотобійців» 1 жовтня2011 року в матчі проти «Крістал Пелес» , який завершився з рахунком 2-2. У кінці жовтня 2011 року після чотирьох ігор за «Вест Хем», з поверненням Роберта Гріна, Альмунія повернувся в Арсенал, де знову не мав ігрової практики. Тому 22 травня2012 року «Арсенал» оголосив, що з Альмунією не буде продовжено контракт, який завершився 1 липня2012 року.
Мануель ніколи не грав за збірну Іспанії, незважаючи на стабільні виступи за «Арсенал». Оскільки Альмунія жив в Англії з 2004 року, то влітку 2009 року він мав можливість подати документи на отримання англійського громадянства[7], що дозволило б йому виступати за збірну Англії. Враховуючи проблемну позицію голкіпера в збірній Англії, деякі розглядали іспанця як реального кандидата в воротарі національної команди. Утім у серпні 2009 року тренер англійської збірної Фабіо Капелло заявив, що під його керівництвом у збірній Мануель грати не буде.
