Переважну більшість своєї історії команда виступала у Сегунді та Терсері, допоки у 2013 році не отримала право на підвищення у класі. В Кубку Іспанії вище 1/16 команда не проходила.
Ейбар — єдина команда, яка має сертифікат ISO 9000
Футбольний клуб «Ейбар» було засновано 30 листопада 1940 року шляхом об'єднання двох команд: «Депортіво Ґалло» та «Уніон Депортіва Ейбарреса». Спочатку новостворена команда грала матчі нерегулярно, доки в сезоні 1943-44 її не було реорганізовано у повноцінний постійно діючий клуб.
В 1950 році «Ейбар» почав виступати у Терсері, а трьома роками пізніше пробився до Сегунди. Через 5 років клуб повернувся до Терсери, де провів 25 років з 28-ми (в 1977 році Терсера стала четвертим дивізіоном після створення Сегунди Б). Лише в 1988 році команда знову змогла потрапити в другий дивізіон.
Знову в третій дивізіон команда вилетіла в кампанії 2005-06. Проте вже в наступному сезоні «Ейбар», перемігши в плей-офф «Райо Вальєкано» із загальним рахунком 2-1, підвищився у класі[1]. Сезон 2008-09 став невдалим — 21-е підсумкове місце і повернення в Сегунду Б. Наступні три сезони «зброярі» щораз потрапляли у плей-офф, проте ніразу не змогли пробитися до другого дивізіону. В сезоні 2012-13 команда в Кубку Іспанії пройшла «Атлетік» за правилом виїзного голу, зігравши вдома 0-0 та 1-1 не виїзді[2]. В тому ж сезоні клуб повернувся до Сегунди після 4-річної відсутності[3].
В сезоні 2013-14 «Ейбар» вперше в історії оформив путівку до Прімери, ставши переможцем Сегунди[4].
