За часів правління Саддама Хусейна, керівником Іракського Олімпійського комітету і, разом з тим, куратором національної збірної з футболу, був син Саддама, Удей Хусейн. Під керівництвом Удея, застосовувалися такі засоби мотивації команди як погрози переламати гравцям ноги, за пропуск тренувань могли кинути до в'язниці, а у випадку поразки гравців могли катувати електричним кабелем або скупати в нечистотах.[2] Після Війни у Перській затоці Ірак був усунений від участі в Азійських Іграх і більшості змагань арабського футболу. Станом на 1996 рік збірна Іраку посідала 139 позицію в рейтингу ФІФА, найнижчу за всю свою історію.
Незважаючи на війну в Іраку, футбольна команда продовжила виступати на міжнародних турнірах, з хорошими показниками. У 2004 році збірна Іраку дісталася чвертьфіналу Кубка Азії з футболу (з таким самим результатом команда виступала на Кубках Азії в 1996 і 2000 роках) і потім кваліфікувалася для участі на літніх Олімпійських іграх 2004 року. В Афінах іракські футболісти перемогли олімпійські збірні Португалії, Коста-Рики і Австралії, і в підсумку стали четвертими, поступившись у матчі за бронзу італійцям — 0:1; крім того, збірна Іраку була нагороджена призом ФІФА за чесну гру. В кінці 2004 року Азійська конфедерація футболу визнала іракську збірну «командою року». У 2005 році збірна Іраку виграла золоті медалі Західно-азійських Ігор. У 2006 році олімпійська збірна Іраку виграла срібні медалі на Азійських іграх. У 2007 році збірна Іраку вперше в історії перемогла в Кубку Азії з футболу і знову була визнана командою року АФК, найкращою арабською командою року за версією авторитетного видання «Аль-Ахрам», а також найкращою командою року у світі за версією World Soccer Magazine.[3] Також команду висунули на здобуття гуманітарної премії Принца Астурійського[4]. Перемігши на Кубку Азії, збірна Іраку отримала право взяти участь у розіграші Кубка конфедерацій 2009, який відбувався в ПАР, але там команда не змогла подолати груповий етап.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}