На початку 2003 року довготривалий конфлікт у регіоні Дарфур (південно-західна частина Судану) переріс у криваву гуманітарну кризу, яка призвела до загибелі майже 300 тисяч мирних жителів. У спробах припинити насильство Африканський Союз проголосив про наміри запросити у регіони миротворців і у квітні 2005 року звернувся з проханням до НАТО та ООН.
У червні 2005 року Альянс погодився розпочати свою першу місію в Африці. Офіційно місія розпочалась 1 липня2005 року. Її головними завданнями були допомога у підготовці та тренуванні підрозділів, які діють у Судані за мандатом Організації Об'єднаних Націй. В Ефіопії, яка межує з Суданом, було створено спеціальний навчальний центр для підготовки офіцерів підрозділів ООН.
У січні 2006 спеціальний представник ООН з питань Судану, констатувавши те, що спроби Африканського Союзу відіграти миротворчу роль в Судані є марними, звернувся до Ради Безпеки ООН з тим, щоб вона ухвалила рішення про направлення до Судану 20 000 миротворців із правом використання сили для припинення нападів на мирне населення і розброєння загонів бойовиків.
5 травня2006 року у місті Абуджа, що в Нігерії, була підписана мирна угода між урядом Судану та найбільшим повстанським угрупованням, що діє у Дарфурі, яка створила необхідні передумови для закінчення війни між Північним та Південним Суданом[3], і, як наслідок, проголошення незалежності Південного Судану.
Місія у Дарфурі стала джерелом суперечок у Альянсі між країнами-членами Альянсу і країнами-членами Євросоюзу. Франція, яка вказувала на трансантлантичні розходження щодо ролі НАТО за межами євроатлантичного ареалу, наполягала на тому, що місія повинна здійснюватися у компетенції Євросоюзу, а ніяк не Альянсу, який, на її думку, є суто єврорегіональним блоком. Пізніше, до Франції приєдналась і Бельгія, яка вважає, що Євросоюз більше підходить до розв'язання конфлікту у Дарфурі, ніж НАТО, тим більше, що ЄС вже допомагає Африканському Союзу технікою і обладнанням.
Після кількох місяців дебатів щодо здійснення місії у Судані, Франція і Бельгія все ж погодилися з участю Альянсу у миротворчих операціях у Дарфурі, але за умови, що ЄС й надалі розширятиме свою місію. У результаті цих домовленостей частина країн-членів НАТО, серед яких Франція, Бельгія, Італія та Німеччина, здійснювали авіатранспортні операції, використовуючи механізми ЄС, а інша частина, серед яких США, Канада, використовували механізми НАТО.
Операції Євросоюзу контролювалися через координаційний центр, що знаходився у Нідерландах, а операції НАТО — через координаційний центр у Аддіс-Абебі.
↑Speech by NATO Secretary General, Jaap de Hoop Scheffer at the 15th anniversary of the Atlantic Club of Bulgaria in the margins of the Sofia Ministerial