Назва походить, імовірно, від імені теребовельського князя Василька, який, за переказами, лікував рани у місцевих цілющих джерелах; за іншою версією – від прізвища українського шляхтича, власника села Богдана Васильківського, на межі 16–17 ст.
У 1620 р. власники Сидорівського замку Каліновські (брати Єжі, Адам і Марцін) напали на маєток братів Васильківських (Івана, Клима, Юрія), через що судилися з князем Чарторийським – сеньйором скривдженого. Крім Васильківського, у селі мали власність Боярські, Рогальські, Шумлянські (найвідомішим представником останніх був єпископ Йосиф Шумлянський).
У 1672–1699 рр. Васильківці – прикордонний із Польщею населений пункт Туреччини.
Після 1-го поділу Речі Посполитої з 1772 р. село передали Австрії (Заліщицький циркул, від 1816 р. – Чортківський).
Протягом 1863–1914 рр. Васильківці – Гусятинського повіту. У 1874 р. священик О. Каритко створив “Братство тверезості”.
У 1890-х рр. розпочалась еміґрація жителів села до Північної Америки; першими до Канади виїхали васильківчани І. Барабаш і А. Каракоцюк. Найчисленнішою українська діаспора з Васильківців була у канадській провінції Манітоба.
У листопаді 1918 р. у Васильківцях проголошено владу ЗУНР. Багато чоловіків, які служили в австрійській армії, вступили в УГА, зокрема офіцер Микола Рибак (1890–р. смерті нев.). У липні 1919 р. через село проходили або були тут на постої 6-а Равська, 10-а Яворівська, 18-а Тернопільська, 21 бригада новоствореного 4 корпусу УГА, автодивізіон і два бронепоїзди. На місцевому кладовищі похований сотник УГА Титаренко, який у 1920 р. помер від тифу.
Восени 1920 р. у Васильківцях встановлено польську владу. Протягом 1921–1939 рр. село – Копичинецького повіту Тернопільського воєводства. Діяли філії товариств «Просвіта», «Сокіл» (від 1932), «Союз українок», «Сільський господар», кооператива, 2 млини, цегельня, молочарня. У міжвоєнний період зі села виїхали в Канаду, Арґентину, Австралію, за офіційними даними, 750 осіб. У середині 1930-х рр. збудована двоповерхова шестикласна школа, в якій навчали польською мовою.
Після 17 вересня 1939 р. у Васильківцях встановлена радянська влада. Із січня 1940 р. до травня 1963 р. село належало до Гусятинського району.
Від 6 липня 1941 р. до 23 березня 1944 р. Васильківці – під нацистською окупацією. В роки німецькорадянської війни до Червоної армії з села мобілізовано 278 чоловіків, з яких
86 не повернулися додому. 19 вересня 1945 р. у лісі біля села в перестрілці з підрозділом НКДБ загинув вояк УПА “Кармелюк”; іншому повстанцеві пощастило добратися до криївки, вбивши при цьому чотирьох більшовиків.
Під час національно-визвольної боротьби українського народу середини 20 ст. репресовано понад 200 васильківчан; 68 були засуджені й ув’язнені до різних термінів у тюрмах, концтаборах; 58 родин насильно вивезені у Сибір. За волю України в УПА загинули 62 місцевих жителі. За даними книги “Реабілітовані історією. Тернопільська область. Книга Друга” (Тернопіль, 2012) репресій зазнали 102 особи. У повоєнний час до села приїхали 36 українських родин, депортованих із українських етнічних земель у Польщі.
Від травня 1963 р. до січня 1965 р. Васильківці належали до Чортківського району; 1965—2020 — село Гусятинського району, з 2021 — село Чортківського району. У 1992 р. тут почали господарювати перші фермери Володимир Коваль та Іван Гута.
Селянське (фермерське) науково-виробниче господарство “Коваль” спеціалізується на вирощуванні елітного насіння картоплі та зернових культур, у господарстві на постійній основі працюють 130 осіб.
17 квітня 1992 р. Іван і Клавдія Гути створили селянсько-фермерське науково-виробниче господарство “Мрія".
29 серпня 2011 року в селі проводився парад вишиванок, на якому виступали відомі українські гурти та виконавці — ТІК, Злата Огневич та Ніна Матвієнко[1].
На початку 2024 року військовий із села Ігор Рибак отримав відзнаку «Золотий хрест» від Головнокомандувача Збройних сил України Валерія Залужного[2].
Символіка
Герб
У лазуровому щиті сім золотих колосків, покладені віялоподібно, які супроводжуються зверху золотим тризубцем, який супроводжується знизу золотими літерами "2015", а знизу - золотими літерами "1469".[3]
Прапор
У центрі прямокутного блакитного полотнища із співвідношенням сторін 2:3 хрест із жовтих колосків, поверх якого жовтий розширений хрест, на якому щиток: у блакитному полі з жовтою облямівкою, на якій шість білих квіток із жовтими серцевиною, сім жовтих колосків, сім жовтих колосків, супроводжуються зверху жовтим тризубом, що супроводжується знизу жовтими літерами "2015", а знизу - жовтими літерами "1469".[4]
Діють спеціалізована загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів, Будинок культури, бібліотека, ФАП, дошкільний заклад, комплекс відкритих площинних спортивних споруд «Поділля», 2 фермерських господарства.