Samsunspor 2003-04 sezonu, kırmızı beyazlı ekibin Süper Lig'deki yirmi yedinci sezonu, kuruluşunun ise otuz dokuzuncu yılıdır. Süper Lig ve Türkiye Kupası'nda mücadele eden kulüp kupada 6. turda elenmiş, ligi ise 7. olarak tamamlamıştır. Takım, sezona Gheorghe Mulțescu yönetiminde başlamış, 7. haftadan itibaren Erdoğan Arıca görevi devralmıştır. Sezonun en çok gol atan oyuncusu 20 golle Serkan Aykut olmuştur.
Kadro
Not: Uyruk bilgisi futbolcuların FIFA uygunluk kurallarınca oynayabileceği millî takımı gösterir. FIFA kuralları haricinde başkaca uyruğa da sahip olabilirler.