Futbola 1992 yılında Alianza Lima takımında başlayan Guerrero, 2002 yılında Bayern München'e gidene kadar altyapı maçlarında tam 200 gol attı. 2002 yılında Bayern München altyapısında futbola devam ettikten hemen sonra bu kez rezerve takımı FC Bayern München II takımında oynamaya başladı. Orada 66 maç yaptı ve 45 gol atarak bütün herkesin dikkatini çekti. 2004 yılında Bayern München'de artık tamamen profesyonel olan Guerrero, sakatlığı nedeniyle Bayern Münih'te sadece 27 maç yapabildi ve 10 gol atabildi. 2006 yılında Hamburg takımına transfer oldu. 2006-07 sezonunda 20 maç yaptı ve 5 gol attı. Hamburg forması altındaki ilk golünü 2-1 kazandıkları maçta eski takımı Bayern Münih'e karşı attı. Nisan 2010 tarihinde Guerrero, Hannover 96 maçı sonrasında bir taraftara ırkçılıkta bulununca Hamburg takımından rekor ücretle 50 bin € ile 100 bin € arasında ceza aldı.[1]Almanya Futbol Federasyonu'ndan ise 20 bin € ve 5 maçlık ceza aldı.[2]
