İstanbul-Haydarpaşa - Ankara demiryolu üzerinde Marşandiz Deposu'nun bitişiğinde yer alan istasyon, TCDD tarafından inşa edilerek Marşandiz Tren İstasyonu adıyla 1944'te hizmete girmiştir.[2] Elektrifikasyon altyapısıyla yenilenerek 1972'de tekrar hizmete giren[3] istasyon, 1972 - 2016 yılları arasında Sincan - Kayaş Banliyö Treni'ne hizmet vermiş, Başkentray projesinin inşası kapsamında 11 Temmuz 2016'da kapatılmış ve yeniden inşa edilerek 12 Nisan 2018'de tekrar hizmete girmiştir.[4]
3 Aralık 2018'de istasyonda YHT yolcu treni ile bakım lokomotifi arasında bir kaza meydana gelmiştir. Kazada dokuz kişi hayatını kaybetmiş ve 80'den fazla kişi yaralanmıştır.[5] Kazadan sonra istasyonun adı Motor Durağı Tren İstasyonu olarak değiştirilmiştir.[1]