Stam'ın ilk büyük transferi PSV'den Manchester United'a 16.7 milyon euro karşılığında gelmesiyle gerçekleşmiştir. Kendisi burada Avrupa'nın en iyi savunma oyuncularından biri olarak kabul edilmiş ve UEFA Şampiyonlar Ligi ve Premier League şampiyonluğu gibi önemli başarılarda önemli katkıları olmuştur. Sir Alex Ferguson ile yaptığı bir tartışmadan dolayı SS Lazio'ya 26.8 milyon euroya gönderilmiştir. Burada 4 yıl geçiren Stam, daha sonra Milan'a 10.5 milyon euroya transfer olmuş ve burada da 2 yıl geçirmiştir.
Jaap Stam, önümüzdeki yıldan itibaren AFC Ajax'ın kadrosuna dahil olmuştur.
Hollanda ve Dünya futbolunun efsane defans oyuncusu Stam, 29 Ekim 2007 tarihi itibarı ile, Ajax ile olan iki yıllık sözleşmesinin sona ermesini beklemeden futbolu bırakmıştır.