I. Selim'in nedimi Hasan Can Çelebi'nin oğlu olarak 1536/37 yılında İstanbul'da doğdu. İyi bir eğitim gördü, İlmiye Sınıfı'na girerek 1556 ila 1573 yılları arasında müderrislik yaptı. Manisa'da bulunan Şehzade Murad'ın (III. Murad) hocalığı ile görevlendirilmesi sonraki yıllarda hızla yükselmesine yardımcı oldu.
1574 yılında III. Murad'ın tahta çıkması ile birlikte Hace-i Sultani sıfatıyla devlet işlerinde etkili oldu. Bu sıfatını daha sonra tahta çıkan III. Mehmed'in döneminde de koruyarak padişah üzerinde nüfuzu sayesinde iç ve dış siyasette etkin rol oynadı. 1596 yılında Haçova Savaşı'nda padişahı savaş alanından ayrılmamasına ikna ederek Haçova Zaferi'nin kazanılmasında önemli ve etkin rol oynadı.
Hoca Sâdeddin Efendi, Haçova Savaşı'nda yararlılığı görülen Cağaloğlu Yusuf Sinan Paşa'nın sadrazamlığa getirilmesini sağladı. Ancak önceki sadrazam İbrahim Paşa'yı tutan valide Safiye Sultan'ın etkisiyle gözden düştü. Sürgüne gönderilmekten güçlükle kurtulabildi ve devlet işlerine karışmaması koşuluyla İstanbul'da kalmasına izin verildi. Bu süreçte 1598 yılında şeyhülislam Bostanzade Mehmed Efendi'nin ölünce Hoca Sâdeddin Efendi, karşı çıkmalar olmasına karşın şeyhülislamlığa getirildi. Şeyhülislam olarak görevlendirilmesine karşı çıkan sadrazam Hadım Hasan Paşa'yı 1598 yılında görevden aldırtarak idam edilmesini sağladı. Sonrasında sadrazamlığa sırasıyla gelmesini sağladığı Cerrah Mehmed Paşa ve Damat İbrahim Paşa üzerinde etkili olarak yer yer devlet işlerine müdahalelerde de bulundu.
Şeyhülislam olarak fetva yazımında büyük yetenek gösterdi. Şeyhülislamlığı ve müderrisliği dışında asıl ününü Hoca Tarihi olarak da anılan Tâcü't-Tevârih isimli yapıtıyla kazandı. Ayrıca padişah III. Murad'ın emri ile Molla Muslihittin Lari'nin iki eseri ile Abdülkadir Geylani'nin Menakıb'ını Türkçeye tercüme etti.
Büyük oğlu Mehmed Efendi henüz oldukça gençken Mekke Kadısı ve hemen ardından İstanbul Kadısı tayin edildi. İki ay kadar sonra da Anadolu Kazaskeri oldu; bu tarihte 29 yaşında idi. Diğer oğlu Esad Efendi medreseden birdenbire Edirne Kadılığı'na geçti ve arkasında İstanbul'a kadı oldu, henüz 25 yaşında idi. Bu atamalarla hakiki alimler geri planda kalmış; Şeyhülislam, kazasker, padişah hocası gibi önde gelenlerin çocukları iyi mevkilere gelir olmuştur. Mezarı Eyüpsultan semtinde, Saçlı Abdülkadir Efendi Cami haziresindedir.[1]
^Haskan, Mehmet Nermi:Eyüplü Meşhurlar, Eyüp Belediyesi Yayınları, cilt.2, s. 103, İstanbul 2014
^Bu kitap Türkçe sadeleştirilerek 5 cilt hâlinde 1974-1979 yılları arasında basılmıştır:
Hoca Sadeddin Efendi, (Sad. İsmet Parmaksızoğlu), (1974-1979) Tâcü't-tevârih 5 Cilt, Ankara: Kültür Bakanlığı (Yeni basim:1999).
Cilt 1: Osman Gazi, Orhan Gazi, Hüdevendigar Gazi ve Yıldırım Han Devirleri.
Cilt 2: Yıldırım Han'dan Fatih Sultan Mehmed'e.
Cilt 3: Fatih Sultan Mehmed ve İkinci Beyazid Dönemi.
Cilt 4: Şehzadelerin Girişimleri - Selimname ve Yavuz Sultan Selim Dönemi.