Enner Valencia futbol kariyerine Ekvador'da Caribe Jr. futbol takımında başladı.
Emelec
2008 yılında ise CS Emelec futbol takımına transfer oldu. 2008'den 2010'a kadar kadroda yer alma şansı yakalayamadı. Arjantinli teknik direktör Jorge Sampaoli'nin takımın başına geçmesiyle birlikte kadroda yer almaya başladı. 2011'de 30 maçta 9 gol attı. Kariyerindeki ilk hat-tricki 2013 yılında Club Sport Huancayo'a karşı attı. 2014 yılında İlk şampiyonluğunu Emelec'de yaşadı.
Pachuca
2014 yılında 3.28M€ bonservis karşılığında Meksika liginde yer alan Pachuca takımına transfer oldu. Meksika'da 18 gol atarak ligin gol kralı oldu.
West Ham United
2014-15
29 Temmuz 2014 yılında İngiliz Kulübü olan West Ham United, 15 M € bedel karşılığında Enner Valencia'nın transferini tamamladı.
Valencia, transfer olduktan sonra Green Street adlı holigan filmini izlediğini söyledi: "O filmi izledim ve burada da o tarz şeylerin olmasını bekliyordum fakat bana bunların eskide kaldığını söylediler. "[2]
27 Ağustos'ta Sheffield United ile oynanan EFL CUP maçı penaltıları gitti ve Enner Valencia penaltı kullanan oyuncular arasındaydı. Valencia penaltı atışını kaçırdı, maç 5-4 bitti ve West Ham kendi evinde oynanan rövanş maçını kaybederek kupadan elendi.
Bu sezondaki ilk maçını UEFA Avrupa Ligi üçüncü eleme turu karşılaşmasının ilk ayağında Astra Giurgiu takımına karşı oynadı. 23. dakikada gol atan Valencia, 37. dakikada sakatlanarak oyundan çıktı ve maç 2-2 sona erdi.
1 Ocak 2016 yılında Bournemouth ile oynanan lig maçında Valencia, biri free-kick'ten olmak üzere iki gol attı ve West Ham maçı 3-1 kazandı.[4]
→ Everton (kiralık)
Sezonun başında Everton'a kiralık olarak gönderildi. 21 maçta 3 gol, 2 asist yaptı.
Tigres UANL
2017'de 5.50M€ bonservis bedeliyle tekrar Meksika ligi'ne döndü. 2017-18 Meksika Ligi'nde sezonun oyuncusu oldu. Toronto FC ile oynanan Campeones Cup final maçında yer aldı. Maçı Tigres 3-1 kazanarak kupanın galibi oldu. 2019-2020'de CONCACAF Şampiyonlar Ligi'nde 3 maçın kadrosuna alındı. 1 gol ve 1 asist yaparak kupa kazananı olarak madalya kazandı.
Fenerbahçe
2020-21
28 Ağustos 2020'de Fenerbahçe ile bonservis bedeli olmadan 3 yıllık sözleşme imzaladı. Süper Lig'deki ilk resmi maçına ligin ilk haftasında Çaykur Rizespor ile oynanan maçta çıktı. Valencia, maçta 90 dakika forma giydi. 25 Ekim 2020'de Fenerbahçe formasıyla ilk golünü Trabzonspor'a karşı kaydetti ve Fenerbahçe maçı 3-1 kazandı. İlk asistini ise Antalyaspor'a karşı yaptı, Fenerbahçe maçı 2-1 kazandı. 30 Ocak 2021'de Rizespor ile oynanan maçta free-kick kullandı. Önce direğe sonra Rizespor kalecisi Gökhan Akkan'a çarpan top filelerle buluştu. Fenerbahçe maçı tek golle kazanarak ligde birinci sıraya yükseldi.[5]
2020-21 Sezonunu 3. sırada tamamlayan Fenerbahçe'de 12 gol ve 5 asist ile skora en çok katkı sağlayan futbolcu oldu. Valencia, Türkiye Kupası'nda da 1 gol attı.
2021-22 sezonunun Süper Lig'deki ilk golünü 28 Ağustos 2021 tarihinde ligin ikinci haftasında oynanan Antalyaspor maçında attı. Fenerbahçe maçı 2-0 kazandı.
Ligin 7. haftasında oynanan Hatayspor maçının 17. dakikasında Rossi'ye, 29. dakikasında ise Novak'a asist yaptı. 61. dakikada yerini Osayi-Samuel'e bıraktı. Fenerbahçe maçı 2-1 kazandı.[7]
30 Ekim 2021 tarihinde Konyaspor deplasmanında oynanan maçta Valencia, 80. dakikada sakatlandı. Maçın önceki dakikalarında Altay Bayındır ve Gustavo'nun sakatlanması nedeniyle zorunlu değişiklikler yapan Fenerbahçe'nin oyuncu değiştirme hakkı doldu. Bu nedenle oyuna devam edemeyen Valencia'nın yerine kimse giremedi ve Fenerbahçe'nin 10 kişi tamamlamak zorunda kaldığı maçı 2-1 Konyaspor kazandı.[8]
2021-22 sezonunda, Fenerbahçe formasıyla tüm kulvarlarda 33 maçta forma giydi, 13 gol, 5 asistlik performans sergiledi.
2022-23
Sezona 20 Temmuz 2022'de oynanan UEFA Şampiyonlar Ligi İkinci Turu'nda Dinamo Kiev yenilgisi ile başladı. 7 gün sonra oynanan rövanş maçında da 77 dakika sahada kaldı ama gol katkısı veremedi ve Fenerbahçe toplamda 2-1'lik skorla UEFA Avrupa Ligi Üçüncü Turu'na düştü. Avrupa Ligi'ndeki iki ön eleme maçında da süre alan Valencia, gol katkısı veremezken, Fenerbahçe UEFA Avrupa Ligi gruplarına kaldı.
Süper Lig'deki ilk maçına 8 Ağustos'ta oynanan ve Ümraniyespor ile 2-2 berabere kalınan maçında çıktı ve 2 gol kaydetti. Ertesi hafta Kasımpaşa'yı 6-0 yendikleri maçta 2 gol, 1 asist yaptı. 3. haftada da Adana Demirspor karşısında 2 gol atan Valencia, 2022-23 sezonunda Süper Lig'de çıktığı ilk 3 maçında 6 gol attı ve gol krallığında zirveye yerleşti. 26. haftada Alanyaspor karşısında attığı 2 penaltı golüyle resmî maçlardaki gol sayısını 29'a çıkardı ve 28 gollü Alex de Souza'yı geride bırakarak Süper Lig tarihinin en iyi oyuncusu oldu.[9]
SC Internacional
12 Haziran 2023 tarihinde Valencia, Série A kulübü Internacional ile serbest oyuncu olarak üç yıllık sözleşme imzaladı.[10]
Milli Takım Kariyeri
Ekvador'un önemli hücum silahlarından biri olan Enner Valencia, 77 kez milli formayı terletti. Bu maçlarda 38 gol atan başarılı forvet 12 tane de asist yaptı. Özellikle Katar'da düzenlenen 2022 Dünya Kupası açılış maçında attığı 2 gol ile hatırlanmaktadır. Tecrübeli futbolcu Dünya Kupası boyunca takım kaptanı olarak sahaya çıkmıştır.
Kişisel yaşamı
Ekim 2016'da, çocuğunun nafakasını ödemediği için hakkında yakalama emri çıktı. Şili ile oynanan FIFA Dünya Kupası elemeleri'nde polisler Valencia'yı tutuklamak için saha kenarına geldi. Valencia durumun farkına varınca sahadan sakatlanma numarası yaparak kaçmaya çalıştı.[11]
Ağustos 2020'de Valencia'nın kız kardeşi Ekvador'un San Lorenzo şehrinde silahlı bir çete tarafından rehin alındı. Valencia'nın kız kardeşi 29 Ağustos'ta Ekvador polis ekipleri tarafından kurtarıldı.[12]