2000 Azerbaycan genel seçimlerinde 125 milletvekili seçilecekti. Lakin Hankendi işgal edildiği için 42 saylı Hankendi Seçim Çevresi’nde seçimler gerçekleştirilemedi. Ayrıca geriye kalan 124 milletvekilinden 99’u liste usulü çoğunluk seçim sistemiyle, 25’i ise nispi seçim temsiliyle seçilecekti. Seçim sonlandıktan sonra 99 liste usulü seçim sistemi uygulanan seçim çevresindem 88 milletvekili seçildi, yani 11 seçim çevresinden milletvekili çıkarılamadı. Ardından 11 seçim çevresinde (11 milletvekili) sonuçlar iptal edildi, 11 sandalye için 2001 Azerbaycan ara genel seçimleri düzenlendi. Boşalan 3 sandalye için 2003 Azerbaycan ara genel seçimleri düzenlenerek 3 milletvekili seçildi. 2004’te de boş kalan yerlere ara seçimler düzenlenerek 3 milletvekili seçildi.
7 Kasım 2001’de Azerbaycan Halk Cephesi Partisi (klasikle kanadı) milletvekili Mirmahmut Miralioğlu 5 Kasım 2000’den itibaren Meclis toplantılarına katılmadığı gerekçesiyle Meclis İç Tüzüğüne esas milletvekilliğinden düşürüldü. Mirmahmut Miralioğlu’nun katılmama sebebi Meclisi protesto etmek, seçimlere itiraz etmekti.
5 Temmuz 2002’de bağımsız milletvekili Nazım İbrahimov cumhurbaşkanı Haydar Aliyev tarafından Yurtdışında Yaşayan Azerbaycanlılarla İş üzere Devlet Komitesine başkan atandı.
26 Temmuz 2002 tarihinde Yeni Azerbaycan Partisi milletvekili, Meclis Başkan Yardımcısı Yaşar Aliyev cumhurbaşkanı Haydar Aliyev tarafından Azerbaycan'ın Çin Büyükelçisi olarak atandı.
24 Ağustos 2002’de düzenlenen 2002 Azerbaycan anayasa referandumu sonucunda Anayasanın 83. maddesine esasen ülke 125 Seçim Çevresine bölündü ve nispi temsil sistemi feshedildi.
19 Ekim 2004’te ilk kez yeni anayasa maddesince boşalan yerlere 125 milletvekillik Seçim Çevrelerinden 3’ünde 2004 Azerbaycan ara genel seçimleri düzenlendi.
28 Ekim 2005 tarihinde 3. dönemin son oturumunda YAP milletvekili Fikret Sadıkov 2005 Azerbaycanda darbe girişimi iddiası 17 Ekim darbe girişimi iddialarında Resul Guliyev'i dolaylı yollarla desteklediği iddiası ve darbeye yardım ve yataklık sebebiyle dokunulmazlığı kaldırıldı. Ardından Fikret Sadıkov hapsedildi. Milletvekilliği düşürülmediği için seçimlere kadarki 1 aydan kısa süre boyunca milletvekilliğini sürdürdü.[1]