1645-1669 Osmanlı-Venedik Savaşı başladığında Tersane Kethüdası idi. 1645'te Hanya'nın fethinden sonra Girit Muhafızlığına atanan Budin BeylerbeyiDeli Hüseyin Paşa'nın 1645 sonbaharındaki fırtınalı hava nedeniyle Anabolu'da mahsur kalması üzerine, Sultan İbrahim tedbir amaçlı Ammarzade Mehmed Bey'i yedi tersane kadırgası ve on Rodos kadırgasıyla Hüseyin Paşa'nın yardımına gönderdi. 28 Ocak 1646'da Anabolu'ya ulaşan Ammarzade Mehmed Bey Deli Hüseyin Paşa komutasındaki askerleri alarak 1 Şubat 1646'da Hanya'ya getirmeyi başardı.
1647 yılında Girit'teki Osmanlı ordusuna takviye ulaştıramadığı için azledilen Kara Musa Paşa'nın yerine 25 Aralık 1647 tarihinde Kaptan-ı derya oldu.
1648 sefer mevsiminde Mehmed Paşa komutasındaki 45 parçalık (40 kadırga ve 5 kalyon[1]) Osmanlı donanmasıÇanakkale Boğazı'na ulaştığında Boğaz'ın 11 Haziran 1648'de bölgeye gelmiş 67 parçalık kuvvetli bir Venedik donanması tarafından abluka edildiği görüldü.[2] Mehmed Paşa bu donanmayla muharebe etmeyi göze alamadı. Çanakkale'deki askerlerden bir bölümünü karayoluyla Edremit ve İzmir'e getirtilerek derya beylerinin gemileriyle Hanya'ya geçirildi. Bu askerler 12 Haziran 1648'de başlayan Kandiye Kuşatmasına katıldılarsa da sayıca kaydadeğer bir katkı olmaktan uzak kaldılar.