Uzun süre lenf kanseri tedavisi gören Ali Dinçer, tedavi sürecinde karaciğerinin yetersiz kalması nedeniyle sarılıkhastalığına tutuldu.[1][2] Sarılık tedavisi kapsamında karaciğer yetmezliği sorununu çözmek için karaciğer nakli kararı alan İbni Sina Hastanesi doktorları, aranan uygun karaciğerin İstanbul'da bulunması üzerine harekete geçti. Dinçer, uygun karaciğerin uçakla Ankara'ya getirilmesinin ardından nakil için ameliyata alındı (22 Aralık 2006). 13 Nisan 2007'de yüksek ateş nedeniyle hastaneye kaldırılan ve 16 Nisan 2007'de durumu ağırlaşan Dinçer, yatırıldığı İbni Sina Hastanesi'de iki gün sonra yaşamını kaybetti. TBMM ve Kocatepe Camii'nde düzenlenen törenlerin ardından Karşıyaka Mezarlığı'nda toprağa verildi.