Hindi malinaw ang ganap na petsa ng pagtatatag nito, ngunit nagsimula ito noong unang bahagi ng dekada-1930 nang ginalugad ang mga reserba ng ginto sa lugar at itinayo rito ang isang kampong paggawa ng gulag. Ang unang opisyal na paggamit ay noong Hunyo 1932, nang itinayo ang unang tulay sa ibabaw ng Ilog Palatka. Noong 1937, may mga 3,000 katao na nakabilanggo sa pamayanang pambilangguan. Ang salitang Palatka ay kapareho sa salitang 'tolda', na iminungkahing pinagmulan ng pangalan ng bayan sapagkat noong unang panahon ng kasaysatan nito umiral ito bilang koleksiyon ng mga tolda at pansamantalang istraktura. Iminungkahi rin na ang pangalan ay nagmula sa mga salitang EvenkPalja Atken, na nangangahulugang 'mabatong ilog'.
Sa kabila ng hindi pagiging maayos na katangian nito, noong 1939 isa ang Palatka sa mga pinakamalaking pamayanan sa kahabaan ng Lansangang Kolyma, at sinimulan noong Agosto ng taong iyon ang pagtatayo ng mga palagiang tirahan. Itinayo ang isang makitid na riles (narrow-gauge railway) mula Palatka hanggang sa daungan sa Magadan na nanatili sa operasyon hanggang 1950.
Noong dekada-1960 binuksan sa pamayanan ang isang sovkhoz na nakabatay sa pangangalaga ng reyndir. Nang nagsimula ang pagmimina sa kalapit na Karamken noong dekada-1970, naging isang dormitory town para sa mga mangagawa sa minahan ang Palatka.
Pagkaraan ng pagbuwag ng Unyong Sobyet noong 1991, ang pagsasara ng mga bukirin ng reyndir ay nag-iwan ng maraming mga pampook na tao na walang trabaho (karamihan ay mga Evenk at mga Oroch), at humina ang industriya ng pagmimina na nagbunga ng paglipat ng pangasiwaan sa ibang mga lugar tulad ng Susuman.
Pinapanatili ng pamayanan ang ugnayang-kapatid sa Palatka sa Florida, Estados Unidos. Nagkataon lamang na magkapareho ang mga pangalan, ang Palatka sa Florida ay may pinagmulan sa Katutubong Amerikano.
↑ 1.01.11.2Russian Federal State Statistics Service (2011). "Всероссийская перепись населения 2010 года. Том 1" [2010 All-Russian Population Census, vol. 1]. Всероссийская перепись населения 2010 года [2010 All-Russia Population Census] (sa wikang Ruso). Russian Federal State Statistics Service. {{cite web}}: Invalid |ref=harv (tulong)