Av Dunérs många arbeten, av vilka de flesta ligger inom astrofysiken, kan nämnas Mesures micrométriques d'étoiles doubles faites à l'observatoire de Lund, suivies de notes sur leurs mouvements relatifs (1876); Sur les étoiles à spectres de la troisième classe (1885), som innehåller resultatet av en planmässig genommönstring och beskrivning av stjärnspektra av tredje typen, det första arbete av denna art, som i denna omfattning blivit utfört; Recherches sur la rotation du soleil (1891), resultaten av vid observatoriet i Lund utförda spektroskopiska iakttagelser av solen, av vilka framgår den bekanta lagen för solrotationens avtagande från ekvatorn mot polerna, genom dessa observationer dock indicerad ända till 75° heliografisk bredd, det vill säga långt utöver den region, där solfläckarna förekommer; Observations des étoiles de la zone entré 35° et 40° de déclinaison boréale faites à l'observatoire de Lund et réduites à l'équinoxe moyen de 1875 (sex delar, 1896; såväl observationer som publikation gemensamt med Folke Engström). Dunér gjorde omsorgsfulla och lyckade undersökningar av de till Algoltypen hörande föränderliga stjärnorna Y Cygni och Z Herculis; han visade, att den bana, i vilken den ena komponenten löper kring den andra, är märkbart excentrisk och att den riktning, i vilken de båda kropparna är varandra närmast, befinner sig stadd i vridning kring den gemensamma tyngdpunkten. Dunér skrev även Handbok i allmän astronomi (1899), avsedd för den grundläggande undervisningen i astronomi.