År 1996 valdes Frank O'Bannon till guvernör och Kernan till viceguvernör med omval år 2000. År 1998 blev Kernan hedersdoktor vid University of Notre Dame. Under O'Bannons tid som guvernör fick viceguvernör Kernan uppdrag inom flera olika områden. Han ledde en informationskampanj för krigsveteraner, var ordförande för en arbetsgrupp med syfte att förbättra villkoren för försäkringsindustrin och gjorde planer för en reform av beskattningsstrukturen som också godkändes av Indianas lagstiftande församling. Kernan sysslade även med frågor som hade med handel, ekonomisk utveckling, forskning och teknologi att göra.[3]
Guvernör O'Bannon avled 2003 i ämbetet och efterträddes av Kernan. Han efterträddes i sin tur som guvernör år 2005 av Mitch Daniels.[4]