Anthony Fokker hade byggt sitt första flygplan, Spin ("Spindeln"), då han var 20 år gammal. Detta plan var det första nederländskbyggda som flög. Han grundade sitt företagFokker Aeroplanbau år 1912 i Berlin i Tyskland. Företaget flyttade senare till Schwerin, där Fokker tillverkade flygplan åt Tysklands armé under första världskriget. Han samarbetade då med Hugo Junkers på den tyska regeringens order. Han blev känd med sitt plan E.III, som hade en mekanism som gjorde att piloten kunde skjuta med kulsprutegevär mellan propellerbladen, D.VII och det berömda Dr.I, som bland annat användes av Manfred von Richthofen, även kallad Röde baronen.
År 1919 avbröt Fokker samarbetet med Junkers och återvände till Nederländerna. Han kom inte hem tomhänt. Med sig hade han hela tåglaster med flygplan och reservdelar, som han lyckades smuggla över den tysk-nederländska statsgränsen. Detta gjorde att han kunde få igång sin verksamhet fort.
Efter flytten inriktade företaget sig mer på att bygga civila flygplan, men man fortsatte även att bygga militära åt framför allt Tysklands flygvapen. Man byggde även ett stort antal flygplan av modellerna Fokker C.V, C.X och D.XXI åt Finlands flygvapen.
Under 1920-talet var passagerarflygplanetFokker F.VII företagets storsäljare. Modellen dominerade den europeiska marknaden ända till mitten av 1930-talet, då nya, modernare flygplan helt byggda i metall gjorde sitt intåg.
Fokker gick i konkurs år 1996, men delar av företaget överlevde. Den del som sysslade med rymdfart blev ett fristående företag, som 2005 köptes av EADS. De delar av företaget som tillverkat och underhållit flygplan togs över av Stork N.V.
