Flygbolaget etablerades år 1993 efter en sammanslagning av två regionala flygbolag och startade sin verksamhet den 1 januari1994. I början av 2000-talet började Lufthansa köpa andelar i bolaget och står sedan 2011 som ensam ägare.
År 2014 meddelade Lufthansa att Eurowings skulle reformeras, från regionalt flygbolag till lågprisbolag, och byta ut sina Bombardier CRJ mot större Airbus A320. I och med detta slutade Lufthansas andra lågprisbolag, Germanwings, existera som eget varumärke och slogs samman med Eurowings.[1]
Eurowings trafikerade tidigare fler långlinjer, vanligtvis med flygplanen Airbus A330 och Airbus A340. Långlinjeverksamheten tog över av Brussels Airlines, även det ägt av Lufthansa, och flera av de f.d. Eurowings-planen flyger idag för Brussels Airlines.