Јосип Шуштерич се спријатељио са пуковником Драгољубом Михаиловићем уочи Другог светског рата, док је овај био на положајима начелника штаба Дравске дивизијске области у Љубљани и команданта 39. пешадијског пука у Цељу.
Уочи Априлског рата 1941. године, Јосип Шуштерич је реактивиран као резервни официр и постављен за команданта батаљона, а Слободан је већ био на дужности. Урош се тада пријавио као добровољац и распоређен је у град Радече. Ухапшен је 14. априла од стране Гестапоа и затворен у Цељу. Ту је са оцем провео два месеца, да би потом били депортовани за Марибор, заједно са осталим члановима породице. Заједно са другим словеначким породицама су протерани за Србију. Код Вишеграда су чули борбу, на шта им је отац рекао[1]:
Синови, шта сам вам рекао? Србин се не предаје!
— Јосип Шуштерич
Привремено су били смештени у Аранђеловцу, да би касније били распоређени у Параћин. Иако је био против комунизма, противио се одлуци да једна партизанска група буде предата немачким властима.[1]
Јосип Шуштерич се прикључио Југословенској војсци у отаџбини, а потом је постао председник Војног суда Иванковачког корпуса и председник Равногорског одбора у општини Поповац. Слободан Шуштерич се најпре придружио четницима војводе Косте Пећанца, али чим је схватио да се ради о колаборационистима, повезао се и прешао код људи оданих пуковнику Михаиловићу. Урош је прво припадао Параћинском, па потом Ресавском корпусу. Будући да је говорио немачки и енглески језик, помагао је у раду са савезничким мисијама које су водили капетан Бил Хадсон и Џаспер Рутем.
Урош Шуштерич последњи пут са оцем, негде у Србији (септембар 1944)
Од 1944. године је похађао прву класу Равногорску Војну академију на планини Дели Јован и добио чин наредник-ђак.[2] Затим је распоређен у Ресавску бригаду, са којом се борио против партизана код Буковика, где је рањен. Прошао је и диверзантску обуку код Александера Бејта.
Последњи пут је видео оца у септембру 1944. године, пред полазак на повлачење кроз Босанску голготу. Новембра 1944. године, заробљен је Слободан Шуштерич и убијен јануара наредне године. Заробљен је 5. јануара1945. године од стране немачких снага, а дан раније је његова невенчана супруга Нада родила њиховог првог сина у Поповцу. Шуштерич није знао за рођење сина до 1947. године.
Дана 9. јануара1945. године, ОЗНА је ухапсила Јосипа Шуштерича зато што је био председник месног Равногорског одбора. Преки суд у Јагодини га је осудио на смрт и стрељао у априлу на непознатој локацији.
