Члан београдског Партизана је постао са шеснаест година а за први тим је дебитовао у сезони 1974-75. За први тим Партизана, где је провео десет година, је одиграо укупно 492 утакмице и постигао 30 голова.[2]
Играо је на одбрамбеним позицијама, најчешће бека или центархалфа. Истицао се брзином, добро је играо главом и често је започињао акцију тима.
Док је играо за Партизан, изабран је 1978. за фудбалера године[3]
Иностранство
После Партизана, Стојковић одлази у Француску где игра у наредних осам година у неколико различитих француских клубова од којих су најпознатији Монако и Монпелије. Свуда је био стандардан и за француске тимове је одиграо 266 првенствених утакмица и постигао је 13 голова[1].
Репрезентација
Стојковић је за младу репрезентацију Југославије, у периоду од 1976. па до 1978. године, одиграо 17 утакмица.
Свој једини погодак за репрезентацију је постигао 17. новембра1982, у сусрету против Бугарске у Софији. Југославија је овим погодком победила са 1:0, што јој је омогућило да се квалификује за финални турнир Првенства Европе 1984. године.
