Рођен је од оца Петра и мајке Марије, имао је две године старију сестру Наду.[1]
Дипломирао је 1971. године на Грађевинском факултету у Београду. По завршетку факултета радио је у Бироу за студије и пројектовање железница, а од 1974. године био је руководилац Сектора за пројектовање. Године 1977. запослио се у Центру за истраживање и пројектовање, а његовим спајањем са Саобраћајним институтом постаје његов директор.
На изборима за председника Србије, јануара 2008. године, био је кандидат СПС-а и освојио је око 6% гласова. Успостављањем коалиције Демократска странка-Социјалистичка партија Србије, јула 2008, Мркоњић бива изабран за министра инфраструктуре у новој српској Влади коју је формирао Мирко Цветковић.
У Влади која је формирана након избора у мају 2012. године, Милутин Мркоњић је обављао функцију министра саобраћаја до реконструкције која је завршена 2. септембра 2013. године. На том месту га је заменио страначки колега Александар Антић.