Патријаршијским и саборским томосом јој се признаје самосталност, али не и независност.
Аутономија
Поглавара аутономне цркве бира њен архијерејски сабор или синод, али његов избор мора потврдити патријарх (поглавар аутокефалне цркве). Такође, киријархална црква одобрава и аутономни црквени устав. Име патријарха се чита у свим храмовима прије имена поглавара аутономне цркве. Свето миро се добија од киријархалне цркве. Предстојатељ аутономне цркве је канонски одговоран пред највишим црквеним судом аутокефалне цркве.[1]
Аутономна Православна охридска архиепископија има једну митрополију и шест епископија. Четири епископије немају свог архијереја и њима привремено управљају мјестобљуститељи (администратори). Четверочлани Свети архијерејски синод је сабор архијереја и црквенозаконодавна власт. Он одлучује о оснивању и арондацији епархија и бира епархијске и викарне епископе.
По Нишком договору призната је широка црквена самосталност тј. најшира црквена аутономија. Поглавар Охридске архиепископије се ословљава са „Његово блаженство“ и носи бијелу панакамилавку са брилијантским крстом. Његов избор потврђује патријарх српски.[3] Архиепископија се управља на основу општеважећег канонског устројства Православне цркве и свог Устава.[4]
На челу аутономне цркве се налази митрополит или архиепископ који је и епархијски архијереј. Предстојатеља бира сабор аутономне цркве. Изабрани кандидат ступа на предстојатељску дужност након потврде патријарха. Предстојатељ је предсједник сабора и синода аутономне цркве.
Основни црквеноправни акт аутономне цркве је устав.[6]
