У марту и почетком априла 1943. године Тридесетшеста војвођанска дивизија је водила борбе против јединица немачке 13. СС дивизије у Семберији и на Мајевици. Потом се 18. априла 1944. пребацила преко пута Зворник—Тузла у Бирач. одакле је требало да нападом на Зворник омогући пребацивање Шеснесте и Седамнаесте дивизије у Србију. Међутим, нападом немачке 7. СС дивизије „Принц Еуген“ и домобранског 3. ловачког здруга са линије река Спреча—Кладањ, дивизије је у томе спречена и у борбама од 25. до 30. априла принуђена да се заједно са Шеснаестом и Тридесетосмом дивизијом пробије преко комуникације Шековићи—Власеница у рејон Кладња.
Пошто је 4. маја Шеснаеста дивизија заузела Кладањ, Тридесетшеста дивизија је преко Цапарда упућена на Мајевицу. Ради обезбеђења болнице Дванаестог војвођанског корпуса, дивизија је у периоду од маја до јула 1944. више пута прелазила комуникацију Зворник—Тузла и пробијала се са Мајевице за Бирач и обратно.
Посебно тешке борбе против немачко-усташких снага водила је у другој половини маја у рејону Лопаре, Тузла и на планини Коњух. У јулу је била на Мајевици и у рејону Ораховице, а у другој половини јула у долини реке Спрече и у рејону Олова. Августа 1944. године дивизија је у саставу Дванаестог војвођанског корпуса пребачена преко комуникација Хан-Пијесак—Власеница, Сарајево—Вишеград и Калиновик—Фоча на подручје Дурмитора, где је учествовала у Дурмиторској операцији.
Пошто је разбила јаке немачке снаге у рејону Умке, дивизија се у саставу Дванаестог корпуса 21/22. октобра пребацила преко Саве у Срем, где је продужила гоњење немачких снага и у борбама од 23. до 26. октобра ослободила Стару Пазову и Ириг, а учествовала је и у ослобођењу Руме, 27. октобра и Сремске Митровице, 1. новембра. Средином новембра пребачена је у Нови Сад, одакле је после краћег одмора упућена на леву обалу Дунава, ради одбране одсека фронта Апатин-Бачка Паланка.
Почетком децембра, садејствујући јединицама на Сремском фронту, које су вршиле напад на правац Илок—Вуковар, јединице Тридесетшесте дивизије су форсирале Дунав и заузеле Опатовац и Мохово. Крајем децембра 1944. дивизија је пребачена у Мађарску где је заузела положаје на левој обали Драве, код Доњег Михољца, а од 13. до 18. јануара 1945. године на вировитичком мостобрану. У рејону села Питомаче водила је оштре седмодневне борбе, а затим прешла у одбрану до 10. фебруара кад се, због против напада јаких немачких снага, заједно са Шеснаестом и Педесетпрвом војвођанском дивизијом повукла на леву обалу Драве.
У другој половини марта учествовала је у ликвидацији немачког мостобрана на Драви, северно од Валпова, а ноћу 11/12. априла 1945. форсирала је Драву у рејону села Нарде. У завршним операцијама за ослобођење Југославије учествовала је ослобођењу Валпова 12. априла, разбијању немачке колоне између села Брачеваца и Разбојишта 15. априла, ослобођењу Нашица 16. априла, Подравске Слатине 20. априла, Вировитице 25. априла, Копривнице 5. маја, Лудбрега 6. маја, Вараждина и Варждинских Топлица 7. маја и заробљавању немачко—усташко—четничке групације у простору Дравограда 15. маја 1945. године где је завршила свој ратни пут.