За команданта корпуса постављен је Коста Нађ, а за политичког комесараОсман Карабеговић. Формирањем Штаба корпуса, престао је да постоји Оперативни штаб за Босанску крајину, пошто су његове функције пренете на Штаб корпуса.[1][2]
Након формирања Другог крајишког корпуса (Пети крајишки корпус) линија раздвајања оперативних зона два корпуса углавном је представљала река Босна. У октобру 1943. Корпус је ојачан новоформираном 27. источнобосанском дивизијом. Кад је у марту 1944. формирана 36. војвођанска дивизија, Шеснаеста воjвођанска дивизија издвојена је из састава корпуса и припојена новоформираном Дванаестом војвођанском корпусу. У априлу је Седамнаеста источнобосанска дивизија фактички, а нешто касније и формално издвојена из састава корпуса и упућена у Санџак. Након тога, корпус су сачињавале 27,новоформирана 38. источнобосанска дивизија и локални партизански одреди.