Клуб је основан 1933. године као клуб железничких радника. Током историје више пута је мењао име. У прво време клуб се такмичио као ЖАК, па као ФК Железничар, а 1969. мења име у ФК ПИК Инђија. Промена назива настављена је 1975. године, када је клуб променио спонзора и понео име ФК Агроунија. Од 1994. до 2001. године клуб се такмичи под садашњим називом, а од 2001. до 2003. носи име новог спонзора Бразда коп. Садашње име враћа 14. јула 2003. године.[2]
ФК Инђија се углавном такмичила у Трећој фудбалској лиги, а 1992. је успела да се пласира у Другу лигу, а у истој сезони је стигла до четвртфинала Купа Југославије.[2] Од 1994. до 2004. године са променљивим успехом Инђијци играју у српсколигашким такмичењима, а 2005. освајају прво место у Војвођанској лиги. У следећој сезони (2005/06.) тријумфују и у Српској лиги „Војводина“ и поново стижу до другог ранга такмичења, Прве лиге Србије.
У сезони 2009/10, Инђија је освојила прво место у Првој лиги Србије, па је тако по први пут у клупској историји изборен пласман у највиши ранг, Суперлигу Србије.[3] Клуб је у Суперлиги провео само годину дана, пошто је дебитантску сезону 2010/11. завршио на 15. месту и тиме испао у нижи ранг.[4]
Након осам сезона проведених у Првој лиги, клуб се 2019. године вратио у Суперлигу. Након 37 кола, такмичарске 2018/19, Инђија је заузела 3. место и пласирала се у бараж. У полуфиналу на свом терену победили су Златибор са 2:1, а у финалу су били бољи од крагујевачког Радничког након бољег извођења једанаестераца.[5] У великом финалу чекао их је Динамо из Врања, четрнаестопласирани тим Суперлиге. У првом мечу Инђија је славила са 3:0, а у реваншу су изгубили 0:2 и укупним резултатом 3:2 пласирали се у Суперлигу Србије.[6][7] Након две сезоне поново су испали у Прву лигу Србије.
Клуб своје утакмице игра на стадиону „ФК Инђија“, који се налази у ужем градском језгру, уз железничку станицу и магистралну пругу Београд-Суботица-Будимпешта. Саграђен је на месту где се раније налазио локомотивски депо.[8] Првобитни стадион, тада „ФК Железничара“, је изграђен 1933, а састојао се од покривене дрвене трибине, капацитета 600 места. Свлачионице у склопу стадиона су изграђене тек 1962, пре тога су се налазиле у кафани „Спорт“, преко пута игралишта. 1970. су дрвене трибине замењене монтажним, а 2006. је извршена реконструкција када је стадион добио садашњи облик.[9]
Стадион је за потребе Универзијаде 2009. комплетно реконструисан, када је изграђена нова северна трибина, сређене клупске просторије, по први пут стадион је добио семафор, а терен је проширен на димензије од 105 x 65 m.[8]
ФК Инђија је 2006. представила пројекат изградње новог стадиона, који би има капацитет од 9.000 места и био саграђен на простору инђијских „Леја“. Стадион би испуњавао све критеријуме за одигравање утакмица у УЕФА такмичењима.
