Којсански и андамански језици се понекад такође класификују у више одвојених језичких породица (којсански језици у три, а андамански у две одвојене породице), док се неке гране нигер-кордофанских и нилско-сахарских језика понекад сматрају засебним језичким породицама.
Постојање све три од ових језичких породица је спорно и многи лингвисти језике из ових породица радије класификују у већи број мањих језичких породица.
Према ужој класификацији, папунски језици спадају у следеће породице:
Поред језика који се према међусобном сродству могу сврстати у језичке породице, постоје и језици који нису сродни ни једном другом језику. Овакви језици се називају изолати.
Јапански језик, са својим дијалектима, се понекад такође класификује као изолат, док према другим мишљењима ови јапански дијалекти представљају посебне језике, због чега се ова група језика/дијалеката често класификује као Јапанска језичка породица.
Језици Хадза и Сандаве, који се обично сврставају у којсанску језичку породицу се, према другим мишљењима, сматрају изолатима. Такође, језик Бангиме, који се раније сврставао у нигер-кордофанске језике, се данас радије класификује као изолат.
Одређен број изолата се такође говори у Америци, Аустралији и на Новој Гвинеји, али се према широј класификацији ови језици често сврставају у америндијанску, аустралијску или папуанску језичку породицу.
Некласификовани језици
Одређени број недовољно познатих или недовољно проучених језика се не могу класификовати у неку од постојећих језичких породица, нити се може потврдити да су у питању изолати. У ову групу спадају језици као што су иберски, пиктски, каскијски, кимерски, итд.
.png)