После Априлског рата и капитулације Југословенске краљевске војске, успео је да се спасе из заробљеништва и вратио се у родни крај. Кад су почеле припреме за оружану борбу, прикључио се комунистима, и од првог дана устанка, јула 1941. године, сврстао се у партизанске редове.
После низа успешно изведених акција, у којима је показао и смисао за организацију и командовање, Јовановић веома брзо напредује, и октобра постаје заменик команданта Ужичког партизанског одреда. Његовом заслугом је откривена четничка завера против НОП-а у Србији, организована одбрана, а затим и противнапад, 2. новембра1941. године, када су четници доживели први озбиљнији војнички, а и политички пораз у Србији.
Био је командант прве партизанске војне параде, одржане 7. новембра1941. године у Ужицу, у част 24-ворогодишњице Октобарске револуције. Јовановићу је командовање Парадом поверено, као награда за успешно откривање, опкољавање и разбијање четничке групације, која је напала престоницу Ужичке републике. Наиме, он је као потпоручник, успео да направи неупоредиво сврсисходнији и целисходнији план одбране, него што су четнички генералштабни мајори, потпуковници и пуковници успели да сачине план напада на Ужице.
У току Прве непријатељске офанзиве на ослобођену територију Србије, новембра 1941. године, Радивоје Јовановић организује одбрану, прелази с једног на други део фронта, прикупља јединице и сам учествује у низу тешких одбрамбених борби. У бици на Кадињачи, 29. новембра1941. године, Брадоња се посебно истакао својом личном храброшћу и умешношћу. Његов избор положаја за једини партизански топ, показао се исправним. Немци га нису успели погодити скоро све време трајања битке.
Одступањем партизанских снага из западне Србије, крајем новембра 1941, Јовановић се по задатку Партије вратио с Таре на подручје Ваљевског партизанског одреда, у својству начелника Главног штаба НОП одреда Србије, да окупи и организује партизанске јединице и настави борбу против окупатора, недићеваца и четника Драже Михаиловића. У веома тешким условима, у периоду терора и окрутних репресалија окупатора и недићеваца, партизански одреди у западној Србији су водили борбе и трпели велике губитке. У таквој ситуацији, Јовановић је вешто маневрисао, избегавао ударе и прелазио у противнападе. Међутим, због неслагања са командантом Главног штаба НОП одреда Србије, Мирком Томићем, и нејасних инструкција од стране Главног штаба НОПОЈ, које нису биле у складу са стањем на терену, долази до тоталног осипања, разбијања и уништења ових јединица од стране квислиншких снага. Фебруара 1942. године, одређен је за команданта Групе одреда у западној Србији и успева да се спасе из окружења. Након смене Мирка Томића са места команданта, у августу исте године Врховни штаб поставља га за команданта Главног штаба НОП одреда Србије и члана Врховног штаба НОВ и ПОЈ.
После завршетка рата, Радивоје Јовановић је извесно време био командант града Београда, а затим је, почетком 1946. године, отишао на школовање у Совјетски Савез, где је био слушалац Артиљеријске академије „Ђержински“ у Москви.
^Предлог упућен Јосипу Брозу Титу у писаној форми 13. јануара1950. Оригинал се налази у архиву Војно-историјског института, несређен и погрешно заведен под 1951. годину, док се други примерак налази у својини аутора овог текста.
