Površina otoka, ki je dolg 12 km, meri 15,07 km², njegova obala meri 41,758 km, najvišji vrhKapić je visok 131 mnm. Žirje leži v zunanjem obroču otokov šibeniškega arhipelaga , okoli 22 km jugozahodno od Šibenika, na križišču pomorskih poti, ki vodijo iz Šibenika proti Kornatom. Otok z 29 zalivi obdaja 17 otočkov. Na njem stalno živijo 103 prebivalci (popis 2011).
Vzdolž otoka, ki je v glavnem ves pokrit z makijo potekata dva niza apnenčastegagričevja, med katerima se vije plodno polje. V srednjem delu polja pri kraju imenovanm Gradine je 35 m globoka jama v kateri se preko vsega leta nahaja voda, primerna za napajanje živine.
Iz pomorske katre je razvidno, da na otoku stojita dva svetilnika. Prvi stoji na koncu valobrana v zalivu Muna in oddaja svetlobni signal: Z Bl 3s. Drugi svetilnik pa stoji na rtu Muna, pred vstopom v zaliv Muna, in oddaja svetlobni signal: B Bl(2) 10 s. Nazivni domet svetilnika je 10 milj.