Narodil sa vo Vukovare (v tom čase patrilo Rakúsko-Uhorsku, dnes je v Chorvátsku). Pochádzal z rodiny remeselníkov a poľnohospodárov českého, nemeckého a chorvátskeho pôvodu. Jeho starý otec bol český krajčír, ktorý sa roku 1817 vysťahoval z Klatov. Navštevoval klasickú strednú školu v Osijeku. Pôvodne sa chcel stať kňazom a prešiel na štúdium technických disciplín. Vybral si chémiu, pretože pravdepodobne dúfal, že získa zamestnanie v novootvorenej cukrovej rafinérii postavenej v Osijeku.
Náročné životné podmienky a politický útlak ho prinútili odísť do Nemecka na Vysokú školu v Karlsruhe. Bol dobrým študentom a vytvoril si tak dobré základy pre štúdium organickej chémie. Pod vedením Hermanna Staudingera (laureát Nobelovej ceny z roku 1953) získal v roku 1910 doktorát a spolu s ním neskôr odišiel na ETH (Eidgenössische Technische Hochschule) do Zürichu ako jeho asistent.
Jeho prvé manželstvo s Annou, rodenou Hausmannovou, bezdetné, bolo v roku 1950 rozvedené, druhá manželka Gertrude Acklin (rodená Frei) priviedla do manželstva dospelého syna.
Profesor Ružička, čestný člen Československej spoločnosti chemickej, umožnil niekoľkým československým chemikom (F. Balašovi, F. Petrůovi, R. Lukešovi, F. Šormovi a tiež M. Protivovi, K. Wiesnerovi a Z. Vejdělkovi – tí už pracovali pod vedením profesora Preloga) študijný pobyt v jeho vzorne vybavenom ústave.
