Kostolík dal postaviť Peter Ráth, generálny riaditeľ Košicko-bohumínskej železnice, v rokoch 1909 – 1910. Výstavba kostolíka sa realizovala podľa projektovej dokumentácie nezisteného autora a zo zbierok Petra Rátha, jeho manželky, dcéry Aranky a zaťa Eugéna Karácsonyho. Ďalším darcom bol manžel Gabriely Éder-Dávidovej z vďačnosti za uzdravenie. Dôkazy o tom sú zaznamenané na nápisoch vitráží piatich okien, ktoré sú dielom budapeštianskeho sklomaliara a výrobcu vitráži, Waltera Gidu. Kostolík na počesť sv. Heleny vysvätil spišský biskup Alexander Párvy10. júla1910.[1] Počas prevádzky liečebného ústavu poskytoval pacientom duchovnú útechu. V roku 1952 kostolík prestal plniť svoje duchovné poslanie a stal sa skladom agitačného materiálu a kníh kúpeľnej správy.[1] Neskôr bola dohoda medzi cirkvou a Okresným národným výborom v Poprade o zmene užívania kostolíka v prospech štátu, kedy došlo aj v zmene vlastníctva na štát.
Obrat nastal po novembri 1989, kedy tu veriaci po mnohých desaťročiach slávili 24. decembra polnočnú svätú omšu. Kostolík bol znova posvätený na sviatok sv. Heleny 18. augusta1990 vtedajším spišským biskupom Františkom Tondrom.[2] Zničené pôvodné zariadenie bolo nahradené novým. Zozbierali sa naň miestni veriaci v roku 1993 pod vedením kaplána Miloslava Marušiaka. Dôkladnú opravu sklenených vitráží uskutočnil v roku 2000 Stanislav Hudzík a Peter Fedor. Kostol v súčasnosti patrí Farnosti Poprad – Juh. Sväté omše sú v kostole každú nedeľu o 10:00.[3] Majitelia kostola sa v priebehu času menili, v roku 2010 kostol prenajalo Seniorcentrum Kvetnica rímskokatolíckej cirkvi na 15 rokov, o rok na to však zmluvu nečakane vypovedalo.[1] V roku 2020 kostol patril rímskokatolíckej cirkvi.
