Nakon Drugog svetskog rata, prilikom popunjavanja upražnjenih eparhija, na prvom posleratnom redovnom zasedanju Svetog arhijerejskog sabora 1947, izabran je Damaskin Grdanički za mitropolita zagrebačkog. Posle njegove smrti 1969, eparhija dugo nije imala sopstvenog mitropolita, nego su njome upravljali episkopi drugih eparhija, sve dok na zasedanju Svetog arhijerejskog sabora1977. godine nije poverena tadašnjem episkopu lepavinskomJovanu Pavloviću, koji je 1982. izabran i za mitropolita zagrebačkog. Na njegov predlog, sledeće godine mitropolija je preimenovana u Zagrebačko-ljubljansku.
Saborna crkva Mitropolije zagrebačko-ljubljanske je Crkva Preobraženja Gospodnjeg na tzv. Cvjetnom trgu ili Trgu Petra Preradovića u Zagrebu. Radi se o nekadašnjoj rimokatoličkoj Crkvi Sv. Margarete koja je pripadala Zagrebačkoj biskupiji, a spominje se na ovom mestu od 1334. kao župna crkva uz koju su se održavali „margaretski sajmovi“ (održavali su se od 1337). Kasnije je crkva pripala župi Sv. Marka, a 1794. prodana je grčkim pravoslavnim trgovcima koji su tada kao trgovci i novčari boravili u Zagrebu. Kad Grka više nije bilo, crkva je počela služiti pravoslavnim Srbima. Zbog ovakve istorije sabornog hrama, ulica koja prolazi iza crkve i danas se zove Margaretska, a ona koja prolazi ispred nje zove se Preobraženska.
Dana 4. maja2007. dovršen je ikonopis u unutrašnjosti ckrve, a izradio ga je ruski ikonopisac Nikolaj Aleksandrovič Muhin.