Rodila se u Indianapolisu kao kćer Benjamina Harrisona i Caroline Harrison. U novembru 1884. se udala za Jamesa Roberta McKeeja (1857 - 1947), koji će poslije postati uspješan poslovni čovjek i jedan od osnivača kompanije General Electric. Rodila mu je dvoje djece. Zajedno sa mužem i djecom se preselila u Bijelu kuću nakon što joj je otac postao predsjednik.
Nedugo pred izbore koje će joj otac izgubiti, majka joj je umrla od tuberkuloze, te je Mary do isteka mandata preuzela dužnost domaćice, odnosno Prve dame. Kao takva je danas posljednja Prva dama koja je vršila tu dužnost, a da nije bila supruga predsjednika.
Kasnije se posvađala sa ocem, bijesna zbog njegovog braka za mladu udovicu Mary Lord Dimmick, te sa njim nije razgovarala sve do njegove smrti.
