Zbog ozljede je propustio UEFA Euro 1992; iako je ujedinjena reprezentacija osvojila drugo mjesto. Na Svjetskom prvenstvu 1994., igrao je kao kapetan na poziciji braniča, i postigao je jedan pogodak. Iako je SP '94 trebalo biti njegovo zadnje veliko natjecanje, Matthäus još nije službeno otišao u mirovinu. Nije pozvan na Euro 96, koje je Njemačka naposljetku osvojila.
S Bayernom je 1999. došao do finalaUEFA Lige prvaka. Nažalost za Bayern, primili su dva pogotka u zadnjim minutama sudačke nadoknade i izgubili naslov. Taj poraz je bio drugi neugodan poraz Matthäusa u finalu Lige prvaka, nakon finala 1989. Nakon njegova umirovljenja, Bayern osvaja Ligu prvaka 2001. i Interkontinentalni kup. Zadnju je utakmicu za Bayern odigrao 8. ožujka2000. u Münchenu protiv Real Madrida.
2006. godine, kratko je trenirao brazilskiAtlético Paranaense. Nakon samo sedam utakmica s klubom, dao je ostavku.[6] 19. svibnja 2006., Matthäus je postao trener Red Bull Salzburga, zajedno sa direktorom Giovannijem Trapattonijem. Unatoč solidnim uspjesima, Matthäus je 12. lipnja 2007. dobio otkaz odlukom uprave kluba.
13. travnja 2008., najavljenoi je da je Matthäus novi trener izraelskog kluba Maccabi Netanya.[7] 29. travnja 2009., najavljeno je da Matthäus ostaje trener unatoč lošijim rezultatima Maccabija i skupom velikom plaćom.[8]
Privatni život
Matthäus ima troje djece[9], a ženio se četiri puta.
Njegov prvi brak sa Silvijom Matthäus trajao je od 1981. do 1992., i s njom Lothar ima dvije kćeri, Alisu i Violu.
1994. godine, Matthäus se oženio švicarskim modelom i TV-voditeljicom Lolitom Morenom. Brak je završio 1999. godine.
Srpkinja Marijana Kostić bila je Matthäusova treća žena. Brak je trajao od 2003. do 2007. godine.[10]
U prosincu 2008., 47-godišnji Matthäus oženio se 21-godišnjom ukrajinkom Lilianom Chudinovom. Par trenutno živi u Tel Avivu.[11]