2001 Накамура подал в суд на бывшего работодателя Nichia, оспаривая бонус за открытие, первоначально составлявший всего ¥ 20000 (≈ US $ 180). Хотя Накамура в ходе процесса первоначально выиграл компенсацию в ¥ 20 миллиардов (≈ 180 млн долл. США), Nichia обратилась с апелляцией, и в 2005 году стороны договорились о сумме в ¥ 840 миллионов (≈ 9 млн долл. США) — на тот момент крупнейший бонус, когда-либо заплаченный японской компанией.
1998 — Премия Ранка, «За вклад в изобретение синих и зеленых полупроводниковых диодных лазеров на основе нитридов»
1998 — C&C Prize, «За фундаментальный и новаторский вклад в разработку приборов, излучающих синий свет с высокой яркостью и длительным сроком службы, на основе сложных полупроводников на основе нитрида галлия»
2000 — Премия Карла Цейса, «За разработку высокоярких, синих светоизлучающих и лазерных диодов»
2000 — Премия Хонда, «За изобретение и разработку синего LED,энергосберегающего диода с полувечным сроком службы»[6][7]
2000 — Премия Асахи (вместе с Исаму Акасаки), «За исследования и разработку устройства, излучающего синий свет»
2001 — Премия Ника Холоньяка, «За оригинальные демонстрационные и коммерческие разработки полупроводниковых лазеров на основе GaN и LED»
2002 — Премия по квантовой электронике IEEE, «За новаторский вклад в создание синих, зеленых и белых светоизлучающих диодов и синих полупроводниковых лазеров»
2002 — Takeda Award[англ.], «За разработку синего светоизлучающего диода и синего лазерного диода»
2002 — Медаль Бенджамина Франклина в номинации «Инженерное дело» от Института Франклина, «За его фундаментальные вклады в оптоэлектронную технологию нитрида галлия, которая привела к развитию синего/фиолетового лазерных диодов и в реализации светодиодов высокой яркости. Эти устройства улучшили сегодняшнюю технологию и имеют потенциал для революции в индустрии освещения. Успех д-ра Накамуры в эпитаксии нитрида галлия привёл к началу исследований во всём мире в области полупроводниковых технологий нитрида галлия.»[8]
2009 — Премия Харви, «В знак признания его выдающегося вклада в создание нитридо содержащих светодиодов белого света, которые произвели революцию в области энергоэффективных систем освещения.»[14]
2011 — удостоен звания «Изобретатель года» от «Юридической ассоциации интеллектуальной собственности Кремниевой Долины» (Silicon Valley Intellectual Property Law Association (SVIPLA)).[15]